很多性功能障碍是由于性经验的不足及性交次数较少，在一两次的失败之后产生的。可以进行认识疗法。认识疗法的目的是让病人对伴侣毫无顾虑的说出自己的性需求。增加双方对性及性器官等的了解，坦诚相待，这样能够减少羞怯感，从缓解性功能障碍。心理分析疗法，行为疗法。
性功能障碍主要是指性欲改变的存在，从勃起功能障碍到射精障碍的存在，可以通过心理治疗、药物治疗的方式进行处理。
阴茎不能完全勃起或虽有部分勃起但持续时间过久，甚至发生性交困难。性功能障碍中以勃起功能障碍，早泄最为多见，对勃起功能障碍、早泄等，许多病人绝大部分由心理性因素引起。目前，大多数男性在性生活中都会出现阳痿现象。临床上可采用心理治疗或药物疗法来进行治疗，如心理治疗主要是放松心情、消除紧张情绪，药物则是通过增加性欲而达到目的。可考虑口服药物治疗，药物通常建议使用西地拉菲，法地拉菲和他达拉非。另外还要注意避免使用其他影响射精功能的药物。此类药物为选择型的五型磷酸二酯酶抑制剂，此类药物能迅速提高男性患者阴茎勃起，还能使阴茎保持插入阴道，完成合理性交。
针对性功能障碍的治疗首先要明确病因，治疗上主要针对病因。
有些患者可能是内分泌因素引起的，可以通过内分泌治疗来治疗，比如激素治疗。另外，有些患者可能是糖尿病引起的性功能障碍，所以要控制血糖，也有可能是心理因素引起的。同时还可以配合一些药物来治疗。还有很多病人，比如早泄，都有包皮过长。那我们可以做包皮环切术来治疗早泄。
对于性功能障碍的治疗，首先要找出性功能障碍的类型和诱发因素。只有找到了具体的原因，才可能成为治疗的目标。由每个人不同的身体状况引起的性功能障碍的因素也是不同的，这取决于是精神疾病还是疾病。这一点必须清楚地理解。如果找不到药物，盲目使用是不好的。
通常情况下，性功能障碍患者心理治疗效果不错。
有针对性功能障碍的病人，一般都是因为心理因素导致的性功能障碍，这些病人一般都是没有器质性病变的。所以有针对性功能障碍的病人，如果是心理原因引起的，一定要接受正规的心理治疗。针对这部分患者，往往是因为性经验不多，性技能不强，或者性经历过失败，心理上会产生一些负面的情绪和压力，从而导致患者出现勃起功能障碍、早泄等性功能障碍，及时进行正规的性心理治疗。
性功能障碍的治疗较为复杂，这是因为性功能障碍的发生和多种因素相关，可时心理性或器质性或混合性因素所造成。器质性因素多为血管性，神经性病变及内分泌等变化。
性功能障碍以男性衰老出现性功能障碍最为多见，该病例经口服西地拉非可取得有效治疗。性功能障碍还可由心血管，高血压，糖尿病及高脂血症，肥胖等内分泌疾病所造成，有必要说把原来病有效地控制住，解除对血管内皮细胞的伤害，而对这些疾病的治疗药物应引起重视，还会造成性功能障碍。因此，一定要规范性用药，还要协助他达拉非和西地那非的好转，若在医院信息处造成用药，则疗效不一定理想，需手术治疗。
