常见的导致精子畸形的原因主要是泌尿生殖系统的疾病，比如尿路感染，精索静脉曲张，睾丸炎等，这些病因只要能够得到很好的治疗，精子畸形的情况就能够得到恢复，形成正常的精子。生活方式不健康也是导致精子畸形的一大原因，现在人的生活方式及不健康，长期熬夜，大量饮酒等。
精子畸形的形成原因：精液中有支原体感染时（精液培养），精子活力降低，精子密度减少，畸形精子增多，可恢复生育，用法用量请遵医嘱。畸形精子超过70%，应进行染色体检查。泌尿生殖道感染、腮腺炎并发的睾丸炎、附睾结核、精索静脉曲张等，它们均可影响精子的质量。阴囊局部长期高热、长期酗酒（特别是高浓度的烈性酒），均可使精子发生畸变。
一些主管男性生殖功能的激素的分泌不足，可直接影响到曲细精管内精子的生成过程，导致精子畸形率升高。当患有精索静脉曲张的时候，常可导致精子发育异常而致畸形，如不成熟精子或尖头精子等。泌尿生殖系统感染是导致精子畸形的重要因素。由于发生泌尿生殖感染疾病的时候，精液中的营养成分会减少，使得精子发生畸形或者死亡。
精子畸形成活率低的原因是生殖系感染、长时间禁欲、温度过高、营养缺乏等引起的。精子的生长以及发育是需要充足的营养物质的。如果男性偏食较为严重，就容易导致营养不良，从而出现精子衰竭现象，严重的甚至导致死亡。
泌尿生殖道感染、腮腺炎并发的睾丸炎、附睾结核、精索静脉曲张等，它们均可影响精子的质量，阴囊局部长期高热、长期酗酒（特别是高浓度的烈性酒），均可使精子发生畸变，使用激素或某些化学药物，如抗癌药、利血平、马利兰、呋喃类等，可使精子发育不成熟；生殖腺受到放射线照射。