通常有心理和病理性因素，心理紧张、心理压力大、劳累、疾病状态可能引起，频繁手淫、频繁性生活、精囊炎、前列腺炎等生殖系统炎症也容易引起性功能障碍，性功能障碍的原因也可能是肾阳虚和肾阴虚造成的。
在临床上，引起性功能障碍的原因有：
第一点，就是生理上的问题，当人类变老时，性机能就会慢慢衰退。
第二，是心理上的原因，此外，也存在着一定的心理和心理问题，比如说患者在做爱的过程中会很紧张，也会因为之前的性爱失败而产生不正常的行为。还有一些性机能失调，这也许是因为宗教的文化观念造成的。
第三，也有可能是由于肥胖症引起的，患有糖尿病的患者，可能会引起性功能障碍。
造成性功能障碍的原因大致可以分成三类：生物因素、精神心理因素和文化因素。生物因素性功能障碍可能由遗传、健康状况、激素水平、年龄、疾病（包括慢性病、神经精神系统疾患、内分泌疾病、生殖器官病变）等多种原因所引起。药物、长期大量酗酒或吸毒者，也会出现性功能障碍。
性功能障碍可能由遗传、健康状况、激素水平、年龄、疾病(包括慢性病、神经精神疾病、内分泌疾病、生殖器疾病)和其他原因引起。药物、长期酗酒或吸毒成瘾也会导致性功能障碍。
精神方面的因素，如夫妻间感情冷漠、或因某些原因产生紧张心情，可导致阳痿。如果性交次数过多，使勃起中枢经常处于紧张状态，久而久之，也可出现阳痿。生理方面的原因，如阴茎勃起中枢发生异常。一些重要器官如肝、肾、心、肺患严重疾病时，尤其是长期患病，也可能会影响到性生理的精神控制。
一般情况下，男性功能障碍可能是泌尿系统疾病、龟头过度敏感、频繁发生性行为等原因引起的，具体内容如下：
1.泌尿系统疾病：如果男性患有泌尿系统疾病，在炎症刺激下，可能导致男性出现性功能障碍。
2.龟头过度敏感：如果男性龟头过度敏感，可能会容易在发生性行为时受到刺激，可能引起性功能障碍。
3.频繁发生性行为：如果男性频繁发生性行为，可能会对性功能造成一定的损伤，可能出现性功能障碍的情况。
当男性出现性功能障碍后，男性应及时就诊，通过生殖器彩超、阴茎传导测定等方式明确自身情况，再对症进行治疗。
