局部外用药物治疗。先用小刀或者指甲锉尽量去除病甲，然后，外用冰醋酸溶液或者碘酊涂于患处，每天两次，连续3到6个月，直到新甲生成。系统药物治疗。一般可以间歇冲击疗法。手术拔掉病甲。
灰指甲白天要保持手部的卫生，保持局部的干燥和清洁。可以到药店购买一些消毒后的纱布，将药物浸湿纱布后，包裹在手指头部位。可以白天包裹，夜间可以温热水清洗后，保持局部的干燥就可以了。这样需要每天连续的进行，至少一周以上的时间。在清洗后碘包裹处理的同时，需要注意及时进行指甲的修剪。
不彻底消灭真菌的话，重新长出来的指甲还会是灰指甲，剪掉坏的，再长坏的，这样灰指甲是永远好不了的，要及时的挂个皮肤科，在医生的指导下规律疗程的使用药物。灰指甲在医学上称为甲真菌病，是由真菌感染引起，得灰指甲并不是指甲自身出了问题，而是由于真菌在指甲上破坏指甲。
这是正常现象，因为灰指甲一旦感染本身就会出现变厚，这说明平时没有注意自己的脚部卫生，所以以后可以采用中西药结合的方法，积极配合医生的治疗，外用一些药物，注意自己卫生干净。
灰指甲是一种传染性皮肤病。如果得不到有效的治疗，将会非常有害，因此治疗至关重要。患有灰指甲，通常会出现指甲增厚。真菌侵入甲板或甲床后，甲板中的角质在真菌的作用下高度增殖，角质的积累使甲板变厚。甲板增厚会增加浊度，浊度可能是普通甲板的2~3倍。透气鞋，保持患处干燥清洁，必要时口服抗真菌药物。
有甲癣，需要使用抗真菌药物进行治疗。甲癣的本质是一种由甲床真菌感染引起的皮肤病。因此，需要抗真菌药物治疗，并且需要口服抗真菌药物而不是外用抗真菌药物。原因是外用抗真菌药物对这种疾病几乎没有效果。