新生儿单纯疱疹病毒感染可采用隔离、避免搔抓等常规疗法，并与阿昔洛韦、万乃洛韦、泛昔洛韦、炉甘石洗剂等抗组胺药联合用药。具体是这样的：
一、总体治疗
1.儿童应在所有的皮疹结痂和干燥前进行隔离。
2.患儿发热时要多注意休息，多饮水，多进食易消化的食品，注意保持皮肤的干净，避免抓破疱疹，要剪短指甲，并在手指上缠上纱布。
二、药物治疗
1.阿昔洛韦是治疗新生儿单纯疱疹感染的首选药物。
2.泛昔洛韦、万乃洛韦具有较高的生物利用率和较好的疗效。
3.如果有皮疹，可以外用炉甘石洗剂或者是口服抗组织胺药。
4.如果疱疹破裂或继发感染，可以在局部涂抹抗生素。三、手术治疗不需要手术。
单纯疱疹病毒一般不是很严重。
单纯疱疹主要是因为疱疹病毒感染，而引发的一种局部水泡性皮肤病，一般是可以自愈的，不用过于担心。患者感染后要注意局部的清洁卫生，不能用手进行抓挠，防止导致水泡破损流出引起大面积的感染，建议局部可以进行照射红光，加强皮肤的恢复。
通过直接接触传播，是人类单纯疱疹病毒的主要传播方式。鼻部、咽部、眼结膜及生殖器等黏膜或皮肤破损处，直接接触患者而被感染。是间接传播可以通过被患者污染的用具而传染，比如说用过的毛巾、浴盆，包括一些洗漱用品等，都有可能被传染上。
单纯疱疹病毒脑炎的早期表现为发热、口唇疱疹、头痛呕吐、意识障碍、偏瘫、抽搐、精神异常，脑脊液可检出单纯疱疹病毒抗原或特异性抗体阳性的脑部感染性疾病。又称急性坏死性脑炎、急性包涵体脑炎。本病属于中医温病、温毒、头痛、癫狂等病证范畴，乃湿热邪毒外袭，化火入营，上扰清窍，引动肝风所致。
注意安静；加强营养，给予高蛋白质、维生素饮食；昏迷病人要鼻饲流质饮食，预防褥疮；保持呼吸道通畅；注意水、电解质和酸碱平衡，低流量吸氧。积极进行康复治疗，预防后遗症发生。女性生殖器疱疹病人必须在停药后一年内没有再复发才可以怀孕。研究指出，孕妇感染生殖器疱疹容易发生流产早产或死胎，若传染给胎儿，新生儿疱疹的死亡率更高达百分之50。
单纯疱疹病毒感染的临床症状可以自愈，但病毒感染本身通常无法自愈。
单纯疱疹病毒感染的临床表现即单纯疱疹，主要为相对局限性的红斑基础上，出现簇集性水疱，是可以自愈的。但疱疹病毒会在感染的神经节段长期潜伏。当人体免疫力处于下降的状态时，病毒就可能继续繁殖，从而在皮肤表面再一次出现单纯疱疹症状。