扁平疣的治疗主要采用外用药物治疗和物理治疗，内用药物治疗多用于皮疹数目较多或久治不愈者。内用药物治疗，目前尚无确切有效的抗人类乳头瘤病毒治疗药物，可试用免疫调节剂。同时还应该注意饮食健康，不要吃太多油腻的食物。
扁平疣个数少者可以外涂抗病毒软膏治疗，如果个数较多，受损皮肤面积较大，可以用皮下埋植自体免疫疗法治疗，可以根除。一般埋植后2个月会自行脱落，如果4个月不愈者，可以再埋植一次，还可以激光治疗。
扁平疣的治疗方法有很多，一般是内服药物配合外用药。内服药物一般是抗病毒药，扁平疣会影响个人的美观，还会导致有轻微的瘙痒症状，涂药膏可能需要一两个星期才会慢慢有效果，想要快点消除，主要是可以到医院通过激光的方法。
去除扁平疣有效的是只有极个别的长于脸上或身上的扁平疣，采用激光、冷冻等物理性治疗，直接去除即可。面积比较大，脸上、身上都有，而且超过20-30个，而且发痒，还在发展，这种情况下应该采取综合的治疗方法。
如果有多年的扁平疣，疾病是很难完全治疗好的，治疗好之后也有可能会复发，首先可以对症用抗病毒的药物，同时还可以配合用一些免疫调节类药物，平时生活中在饮食上也要多注意，不要食用过多的辛辣的刺激性食物。
通常情况下，人乳头状瘤病毒感染会导致扁平疣的症状，多见于面部、手背，属于是一种常见的病毒感染性疾病，一般可以采取物理治疗、药物疗法等方式进行治疗。具体内容如下：
1.物理治疗：液氮冷冻、微波等非药物疗法。其中最常见的就是液氮冷冻，经过液氮冷冻，7-10天后会结痂，然后脱落。结痂脱落后，如果出现皮疹，可以进行冰冻处理。
2.药物疗法：如果患者不想采取物理治疗，此时患者还可以在医生指导下外敷一些药膏，比如维甲酸软膏、维甲酸软膏、干扰素等进行治疗。
