新生儿接种乙肝疫苗需要在第一天接种第一针，第二针在30天内打第二针，180天打第三针。
现在普遍认为三次乙肝疫苗能够促进人体的免疫，从而降低乙肝病毒的感染几率，降低母亲的垂直传播的危险。不过，接种了乙型肝炎疫苗并不意味着就能得到保护的抗体，而保护性抗体的生成与自身的免疫力有关，因此需要在一周岁左右做一次血液检测，检测到乙肝两对半，以确定是否得到了保护的抗体，如果乙肝表面抗体为阴性则需要进一步接种。
乙肝两对半245阳性，是指乙型肝炎表面抗体、戊型抗体和核心抗体呈阳性，乙型肝炎表面抗体，是乙型肝炎表面病毒抗原刺激人体免疫系统后产生的抗体，能保护人体免受乙型肝炎病毒的侵袭。245阳性乙肝病毒是乙肝病毒携带者治疗的理想目标。为了达到目标，也就是说，提示没有乙肝病毒的。
母婴传播的乙肝很难治疗，可能部分婴儿自身抵抗会阴转但是概率极低，目前对于婴儿感染乙肝也不需要治疗，在24小时内如果打了乙肝免疫球蛋白，还是有可能恢复的，新生儿发现患有乙肝还是要及时去医院治疗的。
一般情况下，新生儿乙肝第二针哭闹不需要特殊治疗。
个别孩子会出现轻微不良反应，如注射局部疼痛、恶心、腹部不适、腹痛等，孩子年纪幼小，就会通过哭闹表达身体不适，一般来说，这些反应持续2～3天就会消失，不需要特殊处理，如果孩子出现哭闹，可以加强一下安抚，注意观察孩子的病情变化，一般来说可以在短期内逐渐的好转，如果哭闹加重，或者出现一些特殊情况的时候，应该及时到医院就诊处理。
如果已经确定乙肝，建议在医生的指导下进行抗病毒治疗，但是孩子的母亲也不能排除乙肝的可能，如果确定乙肝，进行对症治疗，平时注意饮食清淡，避免进食辛辣，避免劳累。
新生儿接种乙肝疫苗的时间为出生后24小时内接种第一次，然后分别在1月龄、6月龄的时候再次接种，共3次。乙肝疫苗接种同样有一定的禁忌证，如携带乙肝病毒、对疫苗的成分过敏、患有神经系统疾病、重度营养不良、先天性免疫功能缺陷、正在使用免疫抑制剂等人群禁止接种乙肝疫苗。
