发生巧克力囊肿主要的病因是内分泌的因素，其次，分娩多次流产可引起输卵管堵塞，也是巧克力囊肿的病因之一，性生活过于频繁，也是导致巧克力囊肿的重要原因。也可能和压力过大等因素有关。
卵巢巧克力囊肿是一种疾病，具体分析如下：
卵巢巧克力囊肿是因为子宫内膜异位在卵巢深处，经血无法及时排出，从而滞留在卵巢中，形成了一个囊肿，这种囊肿一般都是巧克力糊状，也就是所谓的卵巢巧克力囊肿。卵巢巧克力囊肿是由于子宫内膜异位所致，会出现痛经、月经紊乱等情况，甚至会出现不孕的情况。卵巢巧克力囊肿的治疗方法有两种，一是保守治疗，二是手术，如果病情不是特别严重，可以口服激素类药物。
巧克力卵巢囊肿治疗方法主要采用药物和手术治疗。但只能缓解症状控制发展，停药后，即复发，故对卵巢巧克力囊肿多主张手术治疗，有生育要求，可行囊肿剥离术加卵巢成形术。
巧克力囊肿子宫内膜异位症的一种，是外源性子宫内膜异位症的一种，这种病在西医上北称为：“不死的癌症”是一种经久反复的疾病。这种病中医保守治疗。中医保守治疗只要对症就能见效，中医保守治疗后复发率低。对于有生育要求的，建议中医保守治疗。
卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症，正常子宫内膜是在子宫内，随激素变化子宫内膜脱落产生月经。子宫内膜长到卵巢内，也会产生月经，就无法排出体外，然后就会就形成囊肿，里面的出血是陈旧性的，就像融化的巧克力。
可以，巧克力囊肿是由于有炎症的长期刺激和子宫内膜异位生长引起的。会随生理期周期性的脱落出血疼痛。主要临床表现就是引起月经量多，不规则出血，痛经等。有生育要求的可以保守治疗。症状严重者可以手术，囊液抽吸，性激素治疗等。
