无论是良性还是恶性的卵巢囊肿，都有复发的可能性。卵巢囊肿常用的治疗方法就是手术治疗，手术后有复发的可能性，因为常用的手术方法是卵巢囊肿的单纯性的切除，而不是连同卵巢一同切除，只要有卵巢及诱发因素存在，就会有复发的可能性。
一般手术以后，囊肿都是可能会再次复发的，由于炎性囊肿通常可以考虑进行输液来消炎止痛治疗，消炎以后囊肿会消失，如果再次复发感染炎症，囊肿就会再次复发生长，而卵巢巧克力囊肿是因为子宫内膜异位导致，所以即便切除以后也有可能会导致内膜的再次异位而复发。
卵巢囊肿是有复发可能的，卵巢囊肿容易复发的常见原因：手术只能把可见的巧克力囊肿剥除，但不能保证将潜伏着的很小的巧克力囊肿全部清除。而由于手术本身具有破坏性，一定程度上又会刺激这部分残留的巧克力囊肿生长。
由于卵巢囊肿手术后容易出现反复发作，因此预防和治疗非常重要。
1.日常要有规律的作息时间，保持好的生活方式，避免出现一些基础疾病。
2.要有良好的心理状态，避免出现激素失调。
3.做好避孕，以免进行人工流产手术。
4.日常生活中要多做运动，同时要保持月经期间的清洁卫生。
5.要有规律的检查，以便及时掌握身体情况。
患者想要有效预防卵巢囊肿的复发，要注意改变生活方式，不可以经常吃刺激性的食物，比如葱、辣椒等，这些食物可能会导致身体激素分泌水平紊乱，从而导致卵巢囊肿。
患者注意尽量避免使用激素类的药物，可能会导致卵巢囊肿，要尽量采取科学性的生活方式，平时注意心情，保持良好的心态，还要注意从压力方面进行调理，还要养成良好的生活习惯。