副作用主要是治疗后的炎性反应。一般的主要表现为水肿、红肿、红斑，有的可能会暂时性形成炎症后的色素脱失或者是色素沉着。皮秒的副作用相对来说其的激光要小一点，仍然是具有一定的副作用，不过这种副作用一般的都是可以逐渐恢复的。
出现色斑的时候最好是用调Q1064激光，而不是皮秒激光。
色素斑是真皮和表皮之间的基底细胞积累的色素，调Q激光可以直接对色素细胞进行破坏，并被自己的免疫系统的巨噬细胞给吸收。
皮秒激光能有效地改善皮肤内的色素，但对先天色斑的治疗效果不明显。用皮秒激光清洗纹身是可行的，但是皮秒激光是不推荐的。皮秒激光的作用是在真皮下面，造成的伤害比较大。可以通过调Q1064激光来去除斑点，也可以在局部涂抹氢醌霜；如果需要，可以服用氨甲环酸进行辅助治疗，效果更佳。
如果是做了这种激光治疗手术出现皮肤瘙痒，就需要考虑是皮肤本身的功能改变或者是皮肤偏薄，容易引起这种过敏的表现。可以到医院皮肤科就诊检查，根据病情采取药物治疗。注意皮肤卫生，不要吃辛辣的食物，暂停使用化妆品护肤品。
皮秒祛斑治疗一次，不能把斑全部祛掉，至少要做1个疗程，也就是做3次治疗，每3个月做1次。皮秒祛斑后恢复的时间根据斑的深浅、皮肤代谢的快慢有直接关系，年轻人皮肤恢复的快，多数两周左右可以恢复，三十五岁以后中老年人皮肤代谢较慢，恢复需要三至四周的时间。
皮秒祛斑的效果是比较好的，并且并不会对皮肤造成很大的伤害，愈合的时间是比较快的，治疗的过程比较短，不会耽误病人太多的时间，祛斑之后的护理尤为重要，在治疗之后不要长时间在阳光中曝晒，可以多吃一些新鲜的蔬菜和水果，避免吃辛辣刺激性的食物，不要吃海鲜，也不要喝酒精类的饮品，不要吃辣椒等。
皮秒激光祛斑后，激光部位可能会感觉到有疼痛，也可能会有一点点的出血现象，这是正常反应。皮秒激光祛斑治疗过后，在面部清洁的时候不要使用有刺激性的面部护肤用品，以免影响激光部位的正常恢复。激光祛斑治疗后少食油腻辣的食物，保持心情愉快，女性需要避开月经期。