一般来说，勃起的时候疼可能是阴茎海绵体的病变或者是阴茎硬结症。
如果发生了阴茎海绵体的病变，或者是阴茎硬结症，需要做进一步的检查，比如阴茎血流多普勒，阴茎海绵体造影。如果是阴茎海绵体病变或阴茎硬结症，可以服用乙烯雌酚片、血栓通片、红景天胶囊等药物，对症治疗2-3个月。在治疗过程中要尽量避免阴茎的勃起，因此尽量不要同房。
勃起异常，异常勃起，口服女性激素，会抑制勃起，精神放松，解除思想顾虑，多做室外文娱体育活动，精神愉快，多接受紫外线照射，多喝开水，会有利于康复。及时到当地专业正规的男科医院进行治疗，阴茎勃起异常的危害是非常大的，我们在日常生活中一定要高度重视，及时找病因，对症治疗。
当男性朋友患有阴茎勃起疼痛时，应该看出是否存在阴茎创伤和损伤，无论是有皮炎，尿道炎，尿道狭窄等，包皮过长，粘连。当阴茎勃起时，包皮会更加疼痛，阴茎会变形，直立时阴茎会更疼。
勃起太久伴有腰疼，一般与很多年轻人的不良生活习惯有关，比如很多人有手淫的习惯，手淫时手部、腰部用力比较大，勃起久了就会腰疼，一定要尽快去除手淫的习惯。另外，腰部的力量不够强，比如小关节紊乱或者腰肌劳损等，所以一定要加强身体锻炼，养成良好的生活习惯，平时要避免压力过大，调整心态，饮食生活规律有序，避免烟酒、辛辣食物的刺激，不要熬夜。
阴茎勃起困难大部分情况下见于男性勃起功能障碍。造成勃起功能障碍的原因很多，如：手术、外伤引起阴茎有关血管和神经损伤；内分泌疾患、慢性病和长期服用某些物；前列腺炎、前列腺增生反复发作久治不愈；还可能是一种特殊疾病—阴茎硬结病所引起的，这一疾病的特点是阴茎上有结节状或条索状硬结。