双侧卵巢囊肿通常进行手术治疗比较好。
双侧卵巢囊肿患者比较年轻或者年龄在停经之前，可以采用卵巢囊肿切除术来保存卵巢组织。如果无月经异常或无怀孕的情况，只有一方卵巢囊肿较为显著，可采用患侧卵巢囊肿剥除术。
如果是高龄患者或者是绝经后的女性，并且卵巢囊肿太大，对患侧的卵巢造成了很大的压力，而彩超没有发现有正常的卵巢组织，就需要做输卵管卵巢切除术。
卵巢囊肿以手术治疗为主，卵巢囊肿分为肿瘤性和非肿瘤性两类，其中，与非肿瘤性的种类，分为生理性和病理性的两种类型。对于生理性的卵巢囊肿，可以不必治疗，定期观察即可。对于直径小于五厘米的病理性的卵巢囊肿，使用药物治疗或是物理疗法。直径大于五厘米的卵巢囊肿需要手术治疗。卵巢的恶性肿瘤，及时采用彻底的手术治疗的方法。
一般情况下，卵巢囊肿患者可以通过医学检查、手术治疗等方式进行治疗。具体情况分析如下：
如果是直径在5cm以下的卵巢囊肿，同时检查CA125、CA19-9、CEA、AFP等指标是否在正常范围内，可以在月经结束后进行妇科彩超检查。如果是一个直径超过5cm的卵巢囊肿，同时还要做妇科彩超检查。卵巢囊肿外科治疗通常是对有需要或尚未绝经的妇女，应行腹腔镜下摘除或剖腹切除。如果是绝经期后的妇女，或者是因为有恶性肿瘤的原因，需要进行手术治疗。
炎症性卵巢囊肿治疗，可以用一些消炎抗感染的药物进行治疗，平常少吃辛辣刺激的食物，还要记得每晚温水清洗外阴，保持局部清洁，内裤开水消毒，性生活洁净，养成良好的习惯。
无症状的可以保守治疗，也可试用一些中医治疗方法，卵巢囊肿是卵巢肿瘤的一种，各种年龄均可患病，但以20—50岁的女性最为多见，多为良性肿瘤，极少数是恶性肿瘤。可以密切随访，即2－3个月检查一次。
