卵巢囊肿的治疗方式取决于患者年龄，是否恶性，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能以及患者的主观愿望等因素而定。
卵巢囊肿切除术，年轻患者尤其是绝经前患者多采用此种术式，而尽可能保留正常的卵巢组织；输卵管卵巢切除术，年龄较大（45岁以上）或绝经后患者，可行一侧或双侧输卵管卵巢切除术。如果是恶性囊肿，多数患者就诊时多已达晚期，因此要尽一切可能切除原发囊肿及所能见到的盆、腹腔转移灶，通过放疗、化疗来控制病情的发展。
卵巢囊肿术后一般1个月可以同房。
卵巢囊肿手术之后，通常要禁欲一个月。术后妇女身体的免疫力和抵抗力都会下降，一般要休息一个月才会痊愈。术后一个多月内可以有性生活，体质好、恢复的比较好。不过在同房的时候要温柔，不要做的太过激烈，在同房之前和之后要保持良好的个人卫生。如果出现身体不适，建议及时就医进行治疗。
一般来说，卵巢囊肿术后一定要卧床休息，避免下床活动，避免伤口撕裂引起出血。
卵巢囊肿手术后的头一天要注意多吃一些有营养的食物，可以慢慢的从流质食物转变成半流食和正常饮食，术后要注意补充蛋白质、维生素及膳食纤维，可以多吃一些有营养的食物，比如瘦肉、牛奶等，补充身体所需，同时预防便秘。避免喝浓茶、咖啡等刺激性饮料，以免引起肠胃不适。
一般来说，卵巢囊肿术后能怀孕。
卵巢囊肿是指发生于卵巢的生理性囊肿，良性肿瘤、子宫内膜异位症等，20～50岁最多见。患者有正常的卵巢，并且正常的排卵就能够正常怀孕，所以卵巢囊肿术后能怀孕，患者不用过于担心。
患者平时应多休息，也要保持合理的饮食，多吃营养丰富的食物，避免剧烈运动和过度劳累，有利于身体健康。
因为卵巢囊肿种类很多，有上皮性肿瘤，复发率较低一些，如果是子宫内膜异位囊肿，就是俗称巧克力囊肿，复发率是很高的，所以做巧克力囊肿术后必须进行药物治疗。药物治疗期限三个月到半年，这个期限，咱们大大降低它的复发率。卵巢囊肿一旦复发，首先要观察生长的速度，如果生长的速度仍然很快，二次进行手术，如果生长速度很慢，就可以进行药物治疗。药物治疗可以用一些中药、蒙药治疗，都是用舒筋活血的药物。
