卵巢囊肿的治疗方式取决于患者年龄，是否恶性，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能以及患者的主观愿望等因素而定。
卵巢囊肿切除术，年轻患者尤其是绝经前患者多采用此种术式，而尽可能保留正常的卵巢组织；输卵管卵巢切除术，年龄较大（45岁以上）或绝经后患者，可行一侧或双侧输卵管卵巢切除术。如果是恶性囊肿，多数患者就诊时多已达晚期，因此要尽一切可能切除原发囊肿及所能见到的盆、腹腔转移灶，通过放疗、化疗来控制病情的发展。
卵巢囊肿一般都是由于有附件的炎症，或者是有子宫内膜异位症导致的。中医来讲，是由于卵巢周围有寒湿，血瘀导致的，所以治疗起来一般都是活血化瘀，祛寒湿。另外遗传性加上饮食不当，内分泌失调，也有可能引起卵巢囊肿。
卵巢囊肿的消除应该视病情而定，小于五厘米又没有查到明显的肿瘤指证的病人，多为功能性囊肿，可以密切观察，2至3个月检查一次，视病情情况采用药物治疗，中药西药都有比较明显的疗效，肿囊肿直径大于五厘米，则多为卵巢肿瘤，对此应该采用手术治疗，卵巢囊肿的危害相对比较大，因此必须认真对待，积极治疗，可以到正规医院诊治。
卵巢囊肿的化学治疗为卵巢囊肿的主要辅助疗法。估计手术切除肿瘤困难，术前先用1～2疗程化疗，可提高手术切除术。术后应用化疗则可预防复发，手术切除不彻底者，化疗后可获暂时缓解甚至长期存活，手术无法切除者，化疗可使卵巢囊肿缩小、松动，为再次手术创造条件。这是卵巢囊肿的治疗方法之一。
卵巢囊肿是可以通过手术取出囊肿的。平时要多注意情绪的调节，保持心情舒畅，多休息，多吃些清淡的，少吃辛辣刺，激性过大的食物，多吃水果，多喝点热水。具体需要遵训医嘱。
可以考虑用保守治疗的方式，治疗期间精神压力不要过大，多注意休息，不能熬夜，养成一个良好的生活习惯。另外，平时也要多注意局部的卫生。要以纯棉宽松透气好的内裤为主。
