通常情况下，良性卵巢囊肿可以通过手术来治疗。具体分析如下：
卵巢囊肿是卵巢常见的良性肿瘤，由于卵巢囊肿不会具有恶变的可能，因此，临床上对于没有临床症状卵巢囊肿可以不给予任何处理，单纯给予临床观察即可，常规进行超声检查，妇科检查和化验肿瘤标志物CA-125检查即可。但是，对于卵巢囊肿较大，伴有压迫、阻塞周围组织器官功能的，或者因为卵巢囊肿可能导致蒂扭转危险的患者，则建议手术治疗。
良性卵巢囊，子宫切除发生于近绝经期或绝经期妇女的一侧或双侧卵巢囊肿病人全身情况不能胜任，双侧附件及全子宫切除为宜，但会严重影响内分泌失调。卵巢囊肿切除术：病人多无月经障碍，甚至有合并妊娠者，有的一侧肿瘤较显着，则可行患侧输卵管卵巢切除术。输卵管卵巢切除术：一侧卵巢囊肿发生于年龄较大）病人周身情况不能胜任或炎症严重者常行全子宫切除术，应不计切口大小。
定期做检查。可以3到6个月做一次B超检查，看看暖巢囊肿是否长大，或者有没有其他的变化。只要增长，大小没有变化，可定期检查。无需用药治疗。如增长过快，伴随腹部疼痛不适等症状，可考虑手术治疗。
一般情况下，卵巢囊肿可以通过活检来确认囊肿是否为良性，具体内容如下：
卵巢囊肿是良性还是恶性，通常要到医院做妇科肿瘤标记，如果是良性的，那就是有一定的几率。正常情况下，有恶性的可能性，比如血液ca125升高，或者是子宫内的巧克力囊肿，属于良性的。因此，要做好术前做一次简单的组织学分析，确定卵巢囊肿的具体情况，做简单的病理检查是不准确的。
卵巢囊肿是良性肿瘤。
卵巢囊肿是常见妇科疾病的一种。卵巢囊肿在病理情况下可以分为良性恶性和交界性，所以卵巢囊肿不一定都是良性肿瘤，但是大部分卵巢囊肿是良性的，而且体积较小，不会产生压迫症状。也有一部分良性卵巢囊肿体积较大，会对子宫膀胱肠道产生压迫症状，如可出现腹痛腹胀，尿频尿急尿痛等症状，也有可能产生卵巢囊肿蒂扭转从而导致剧烈腹痛。
月经紊乱一般卵巢，甚至双侧卵巢囊肿，由于并不破坏所有的正常卵巢组织，故多半不引起月经紊乱；下腹不适感为病人未触及下腹肿块前的最初症状。由于肿瘤本身的重量以及受肠蠕动及体位变动的影响，使肿瘤在盆腔内移动牵扯其蒂及骨盆漏斗韧带，以致病人有下腹或骼窝部充胀、下坠感；腹围增粗、腹内肿物是卵巢囊肿中最常有的现象。病人觉察自己的衣服或腰带显得紧小，方才注意到腹部增大。
