如果肺炎没有彻底治愈，发热的症状一直存在可能会引发脑膜炎，导致患者出现昏迷，嗜睡等不适症状。可能会侵犯身体的其他部位，从而并发其他部位的炎症，如咽喉炎，支气管炎等。
碘治疗后常见的短期（1-15天）副作用包括：乏力、颈部肿胀、咽部不适、口干、味觉改变、鼻泪管堵塞、上腹部不适或恶心，以及泌尿道的损伤等。晚期并发症主要是甲状腺功能减低，131碘治疗后引起的一过性甲低，症状较轻，经6~9个月可自行消失。另一种是永久性甲低，需要终身服用替代药物治疗。
碘131治疗会出现的不良反应，颈部肿胀。一般表现为颈部无痛性肿胀，发生在服药后24-48小时之内，以术后较多甲状腺组织残留的患者发生为多。大多可自行缓解，严重时需对症治疗。.胃肠道症状，是治疗过程中发生率最高的副作用。一般为恶心，呕吐及腹泻，可于服药后几小时即出现。持续2天至1周。家属和医护人员在治疗前做好心理疏导，随时关心病人情况要合理饮食、清淡饮食严重者需要对症处理。
最少也需要经过2到3周的时间，才能看到比较明显的效果，甲亢症状逐渐减轻，甲状腺缩小，体重增加。通常可持续3-6个月。所以第一疗程疗效不满意者，至少要间隔6个月才能进行第二次治疗。
甲亢碘131治疗后，注意禁止吃海鲜类食品至少1个月，禁用碘酒2周。一周内不揉搓按摩甲状腺部位。此类患者可食富含蛋白及维生素类食品除海鲜外，如肉、蛋、奶、新鲜蔬菜等。建议避免或少用咖啡、酒精等兴奋类饮料1个月。建议甲亢突眼患者戒烟或尽量减少抽烟。
一般情况下，碘131治疗不会脱发。碘131不是化学疗法，而是放射疗法。碘131一旦进入体内，就会迅速被甲状腺所吸附，并在体内停留，造成辐射损害，使其受损，从而降低甲状腺激素的合成与释放。由于在头发中的碘131含量极低，不会对头发造成损害，一般不会导致头发脱落。但也有一些人，由于对碘131的过敏，会导致头发的脱落。
