一般情况下，扁平疣变黑可能是色素沉着造成的，具体内容如下：
病毒感染可能会导致患者患有扁平疣，如果患者长扁平疣的部位长期被摩擦，可能会出现色素沉着的情况，导致扁平疣变黑。如果患者扁平疣疣体较小，可以通过外用干扰素类药物、饮食调理、适当运动等方式进行保守治疗。如果长期药物治疗的效果不明显，患者应及时尽快就诊，可以通过激光、冷冻等方式进行治疗，以去除疣体，避免病情进一步发展。
扁平疣变成褐色可能是由扁平疣的病变、人体的免疫炎症反应等原因引起。
1、扁平疣的病变：扁平疣变成褐色可能是由扁平疣的病变引起的，扁平疣的病变会影响局部皮肤黑色素细胞的功能，导致黑色素生成增多，使扁平疣变成褐色。
2、人体的免疫炎症反应：扁平疣变成褐色可能是由人体的免疫炎症反应引起的，人体的免疫炎症反应刺激局部黑色素细胞，生成较多的黑色素，会导致扁平疣颜色加深，变成褐色。
手上长扁平疣是平时不注意清洁卫生，导致手上的皮肤感染了病毒。是会传染给家人的，不要握手，不要共用指甲刀和毛巾等生活用品，以免出现的传染，可以外用软膏治疗，还可以配合口服抗病毒类药物治疗。
扁平疣的主要表现为针头到黄豆粒大小扁平光滑丘疹，症状轻微或没有，治疗的方式主要是中西医结合药物、激光、冷冻等，但是需要结合病人的实际情况，确定适合的治疗方法，同时要多吃蔬菜、水果，另外应该注意避免搔抓患病部位，从而避免自体感染。
手背上长扁平疣的原因，可能与自身免疫功能低下有关，个别在患感冒后容易加重，由于局部挠抓刺激容易引起同性反应。扁平疣是人类乳头瘤病毒感染引起一种常见的皮肤病。