发病部位不同，咽炎是由于咽部和其喉部的咽黏膜及其淋巴组织异常导致的。扁桃体炎常出现在扁桃体的隐窝、实质等处。临床表现不同，咽炎与扁桃体炎均有急慢性之分，成年人群常患急性咽炎，有咽干发热、疼痛等症状。而扁桃体发炎时，则扁桃体会充血、肿大，严重时会有黄白色脓点。咽炎患者还会出现咽壁黏膜水肿，明显区别是患有扁桃体炎会引起发烧，而咽炎患者不会出现这种现象。
如果咽炎表现为咽部黏膜的炎症，扁桃体炎表现为扁桃体本身局部炎症。咽炎通常伴有全身症状比较少，一般都是局部的咽痛、吞咽疼痛感。扁桃体炎首先会引起全身高烧，同时伴有全身不适感疼痛，精神萎靡、疲倦。
咽炎是咽喉部的炎症，扁桃体炎是扁桃体发炎，扁桃体发炎容易发烧，病情进展比较快。慢性咽炎一般多表现为咽喉部的不舒服，有痰，早晨刷牙感觉干呕。扁桃体炎一般多见扁桃体的肿大，而咽炎多是咽喉壁滤泡的增生。
急性咽炎的症状有起病急，会出现咽干发热、疼痛等症状，吞咽唾液时咽痛比吃饭时更严重。慢性咽炎的主要症状是咽部不适、分泌物多、灼痛、有异物感、吞之不下。这些症状在说话稍多、食用刺激性食物后、天气变化时加重。喉癌症状有疼痛，表现为吞咽时疼痛，长时间不好。出现表面溃疡出血时，同时会有痰中带血。在下咽部位肿瘤持续增大会阻碍食物通过。
反流性食管炎会导致咽喉部不适、发干、疼痛等不适，可以采取抑制胃酸、促进胃动力等措施来缓解。以上的表现可以见于咽喉部，但是口服抑制胃酸和促进胃动力的药物。喉咙痛、烧心、反酸、胸痛等表现可能是反流性食管炎所致，需要到消化科就诊。改善居住环境卫生，保持室内干净，定时通风。养成良好的个人卫生习惯，饭前便后勤洗手。注意饮食卫生，不吃生冷或不干净食物。
艾滋病毒早期，即艾滋病毒急性感染期的咽炎主要是嗓子疼、咽部充血，不会化脓；而普通人的咽炎除了病毒性以外，有很多细菌性咽炎，会导致咽部充血、嗓子疼、化脓。而艾滋病发病前，可能出现包括普通人会感染的细菌性咽炎。所以通过咽炎无法确定是不是艾滋病。
