一般情况下，卵巢囊肿可以通过活检来确认囊肿是否为良性，具体内容如下：
卵巢囊肿是良性还是恶性，通常要到医院做妇科肿瘤标记，如果是良性的，那就是有一定的几率。正常情况下，有恶性的可能性，比如血液ca125升高，或者是子宫内的巧克力囊肿，属于良性的。因此，要做好术前做一次简单的组织学分析，确定卵巢囊肿的具体情况，做简单的病理检查是不准确的。
通常情况下，良性卵巢囊肿可以通过手术来治疗。具体分析如下：
卵巢囊肿是卵巢常见的良性肿瘤，由于卵巢囊肿不会具有恶变的可能，因此，临床上对于没有临床症状卵巢囊肿可以不给予任何处理，单纯给予临床观察即可，常规进行超声检查，妇科检查和化验肿瘤标志物CA-125检查即可。但是，对于卵巢囊肿较大，伴有压迫、阻塞周围组织器官功能的，或者因为卵巢囊肿可能导致蒂扭转危险的患者，则建议手术治疗。
卵巢囊肿是良性肿瘤。
卵巢囊肿是常见妇科疾病的一种。卵巢囊肿在病理情况下可以分为良性恶性和交界性，所以卵巢囊肿不一定都是良性肿瘤，但是大部分卵巢囊肿是良性的，而且体积较小，不会产生压迫症状。也有一部分良性卵巢囊肿体积较大，会对子宫膀胱肠道产生压迫症状，如可出现腹痛腹胀，尿频尿急尿痛等症状，也有可能产生卵巢囊肿蒂扭转从而导致剧烈腹痛。
月经紊乱一般卵巢，甚至双侧卵巢囊肿，由于并不破坏所有的正常卵巢组织，故多半不引起月经紊乱；下腹不适感为病人未触及下腹肿块前的最初症状。由于肿瘤本身的重量以及受肠蠕动及体位变动的影响，使肿瘤在盆腔内移动牵扯其蒂及骨盆漏斗韧带，以致病人有下腹或骼窝部充胀、下坠感；腹围增粗、腹内肿物是卵巢囊肿中最常有的现象。病人觉察自己的衣服或腰带显得紧小，方才注意到腹部增大。
卵巢囊肿的治疗方式取决于患者年龄，是否恶性，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能以及患者的主观愿望等因素而定。
卵巢囊肿切除术，年轻患者尤其是绝经前患者多采用此种术式，而尽可能保留正常的卵巢组织；输卵管卵巢切除术，年龄较大（45岁以上）或绝经后患者，可行一侧或双侧输卵管卵巢切除术。如果是恶性囊肿，多数患者就诊时多已达晚期，因此要尽一切可能切除原发囊肿及所能见到的盆、腹腔转移灶，通过放疗、化疗来控制病情的发展。
卵巢良性肿瘤一般病程长，生长慢，多为单侧，活动，囊性多见，表面光滑，无腹水，B超检查为液性暗区，边缘清晰。卵巢恶性肿瘤病程短，生长快，多为双侧，实性或囊实性，表面不光滑结节状，常有腹水，多为血性，可查到癌细胞，B超检查回声杂乱，边缘不清晰。
