卵巢囊肿的治疗方式取决于患者年龄，是否恶性，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能以及患者的主观愿望等因素而定。
卵巢囊肿切除术，年轻患者尤其是绝经前患者多采用此种术式，而尽可能保留正常的卵巢组织；输卵管卵巢切除术，年龄较大（45岁以上）或绝经后患者，可行一侧或双侧输卵管卵巢切除术。如果是恶性囊肿，多数患者就诊时多已达晚期，因此要尽一切可能切除原发囊肿及所能见到的盆、腹腔转移灶，通过放疗、化疗来控制病情的发展。
卵巢囊肿是可以通过手术取出囊肿的。平时要多注意情绪的调节，保持心情舒畅，多休息，多吃些清淡的，少吃辛辣刺，激性过大的食物，多吃水果，多喝点热水。具体需要遵训医嘱。
卵巢囊肿的化学治疗为卵巢囊肿的主要辅助疗法。估计手术切除肿瘤困难，术前先用1～2疗程化疗，可提高手术切除术。术后应用化疗则可预防复发，手术切除不彻底者，化疗后可获暂时缓解甚至长期存活，手术无法切除者，化疗可使卵巢囊肿缩小、松动，为再次手术创造条件。这是卵巢囊肿的治疗方法之一。
卵巢囊肿是由炎症或巧克力囊肿引起的。卵巢囊肿是由炎症引起的，可以通过抗炎药物、中药和西药的联合治疗而完全治。治率很高。卵巢囊肿是巧克力囊肿，应通过手术治疗。然后每天热敷腹部。可以再次检查超声波，看看囊肿是否缩小。囊肿缩小，你必须考虑手术治疗。
女性体内激素水平紊乱，或者妇科炎症都可能造成卵巢囊肿.
首先需要知道所患的卵巢囊肿是生理性卵巢囊肿，还是病理性卵巢囊肿。生理性卵巢囊肿是由于在排卵期后，由黄体期所形成的囊肿，一般是小于5厘米。在黄体期结束之后，激素水平下降，就会自动消失的，并不需特殊处理。而由于炎症导致，以及内分泌紊乱或者遗传因素所导致，还有子宫内膜异位症所导致的卵巢巧克力囊肿等，就需要根据病情来进行治疗。
在临床上要给予手术治疗，可以做开腹手术，也可以做腹腔镜手术。腹腔镜的手术损伤小，恢复会快一些，但是价钱也会贵一些。术中绝大部分会采取囊肿剔除手术的方式，保留卵巢组织，并且建议将剔除的囊肿送病理化验，根据病理结果临床再决定下一步的治疗方案。
