通常手术治疗。肛瘘是常见的直肠肛管疾病之一，任何年纪皆可发生，特别常见于青壮年男性。肛瘘不能自愈。医治原则是将瘘管切开，导致敞开的创面，促使愈合。手术办法好多，手术时应依据内口位置的高低、瘘管与肛门括约肌的关系。
肛瘘是无法自愈的，只能通过手术治疗，一般在腰硬联合麻醉下，做肛瘘切除手术或者是肛瘘挂线手术。挂线治疗的一般在两周左右脱线，伤口一般在术后一个月左右完全恢复。平时可以吃一些清淡的食物，可以多吃一些水果蔬菜，有利于补充维生素，平时应该多运动，增强体质，有利于提高自身免疫力。
肛瘘手术后应该吃容易消化的食物，多吃含纤维，比较多的食物，保持大便通畅。不吃辛辣刺激性食物，多吃蔬菜水果。同时应该避免久坐受凉。可以减少肛瘘的复发，注意休息和锻炼身体，保持心情愉快。
肛瘘的治疗方法，只有通过手术术后肛瘘的恢复时间，主要按术前肛瘘是低位单纯性肛瘘还是高位复杂性肛瘘来决定一般低位单纯性肛瘘两周左右伤口就能长好，而高位复杂性肛瘘，因为跨越了括约肌，并且伤口的深度较深，引流不畅，手术的恢复时间可能需要20天甚至一个月。并且肛瘘术后的换药的重要性和手术相比也同等重要。
肛门周围脓肿，主要是细菌感染引起的，会引起长肿块和疼痛。可以使用抗生素类药物等脓肿慢慢吸收，如果是有了瘘管了就要手术治疗了，可以去医院肛肠科就诊手术治疗，术后休息一段时间就好了，平时注意卫生，避免辛辣的饮食。注意清淡饮食，多吃蔬菜水果，忌辛辣刺激性食物，保持大便通畅，便后坐浴。
肛瘘手术后一个月还有液体流出属于正常现象，后期肛门切口完全愈合以后，症状也会随之消失。应该注意便后切口的清洁与消毒，要定时换药，即使出院了也应该定时回医院复诊，以免假性愈合的发生。