在进行光子嫩肤治疗时，如果光子能量过大，就会灼伤皮肤，起到反效果；在进行光子嫩肤治疗后，爱美者的皮肤容易变得异常敏感，出现瘙痒、红肿、脱皮等状况；不正确的光子嫩肤治疗有可能导致皮肤细胞受损，皮肤无法进行自我修复与保护，从而会致使面部黑色素沉淀，色斑加重。
只做一次光子嫩肤效果不太明显，肉眼几乎看不到皮肤的改善，光子再生需要很多次才能产生效果，平均需要五次治疗来增加胶原蛋白的产生，一些人可能需要超过或少于五次的治疗。
光子嫩肤主要减退色素减退，强脉冲光可破坏皮下色素基团，使色素减退。治疗红血丝，由于强脉冲光可作用于异常血管，使异常血管闭合。增加皮肤弹性，强脉冲光可作用于成纤维前体细胞，进而促进胶原蛋白增生。改善油性皮肤，毛孔粗大，强脉冲光可抑制皮脂腺分泌。
有的人做完光子嫩肤后效果不显著是因为体质不允许，光子嫩肤对于去除皮肤表面色素沉着和细小皱纹，改善毛细血管的扩张，以及纠正毛孔粗大、皮肤粗糙等问题效果较明显，而且治疗时间短，不会对皮肤造成损伤。
光子嫩肤的疗效主要有祛除面部红血丝、红斑痤疮、酒糟鼻等。
光子嫩肤的疗效主要包括祛除面部红血丝、红斑痤疮、酒糟鼻，并且最大程度减淡色斑、年龄斑，缩小细纹、皱纹。增强面部肌肤弹性，减淡疤痕。光子嫩肤后需要依照医嘱进行皮肤日常护理，不使用含果酸、皂质以及治疗性的冼面奶，要用无泡沫冼面奶彻底清洗局部皮肤，再用面巾纸沾干所有水分，然后涂抹没有刺激成分的护肤霜。应注意不要使用劣质化妆品和激素类产品。
脸上起很多痘痘不建议做光子嫩肤。
当脸上的痘痘暂时缓解或者没有明显的炎症反应以后，开始做光子嫩肤。因为脸上起了痘痘是由于炎症反应导致的，如果白头粉刺或者黑头粉刺没有明显的炎症反应，可以使用光子嫩肤。但是如果有轻度的炎症反应，最好还是不要做，因为做过了以后可能会加重粉刺的炎症反应，而且也不利于光子嫩肤的物理治疗。