遗传因素，唇腭裂的患者往往在其直系或旁系亲属中也可发现类似的畸形。营养因素，各种因素导致的孕妇维生素缺乏都会引起胎儿唇腭裂的发生。感染损伤，内分泌紊乱以及药物因素都会导致胎儿畸形。孕妇频繁接触x线或微波等，都有可能引起胎儿发育异常而导致唇腭裂的发生。有研究表明，吸烟饮酒也会造成胎儿唇腭裂的发生。
引起唇腭裂的原因当属遗传因素，唇腭裂患者其直系亲属或旁系亲属中有类似畸形发生。同时环境因素也是引起先天性唇腭裂的原因，营养因素：营养因素也是一种比较严重的原因，很多孕妇在怀孕期间会出现呕吐的情况，之后会有不同程度厌食的情况，这时胎儿摄入的营养是不足的，所以造成维生素缺乏，在动物实验中，用缺乏维生素A、E的食物喂养怀孕小白鼠时，出生的幼鼠常有唇腭裂发生。
发育畸形做了引产，现再次怀孕，患者因有胎儿畸形发育史，本该要做常规的孕前检查，查找引起胎儿先天发育不良原因，但患者还没来得及做。不能确定是否再次发育畸形可能。引产后两个月又检查出怀孕，子宫内膜还未修复好，土地太贫瘠，有可能导致胎儿发育不良，流产可能。患者引产后未积极避孕，产后没多久就怀孕。
可用以下方法进行治疗。手术治疗：利用咽后壁组织瓣增加软腭长度，利用咽侧组织瓣缩小咽腔宽度，以改善腭咽闭合。对症治疗：对腭隐裂的患儿可严密监护，只有当出现喂养、听力或语音问题时才考虑进行腭裂的修复。
唇腭裂是一种先天性发育问题，可能是由孕妇在妊娠早期接受的放射性物质或病毒感染引起的。一旦确诊，需要进行外科修复，这可能会影响病人的正常饮食和发音。重症病人的手术可能不会一次完成，而二期甚至三期的手术需要在后期进行。