治疗的好方法有可以通过原则治疗的方法，腭裂的治疗是一个复杂的过程，需要口腔颌面外科、整形外科，口腔正畸科，语音训练科，精神及心理科等多方面的专家共同协作才能取得满意的效果。还有手术而获得良好的预后效果，但前提是必须按照序列治疗的程序进行治疗。
怀孕的男女双方不抽烟不喝酒不吸毒，是最主要预防唇腭裂的方法。特别怀孕前三个月病毒感染或者是接触放射性的物质或者是乱用药物，孕妇在怀孕之后一定要注意自己的营养问题，多吃一些高蛋白优质蛋白的食物。
医治可用改良兰氏手术治疗：在松弛切口内扪出钩突，用凿将钩截断，使在钩突上面滑行腭帆张肌失去紧张软腭的能力；之后用一弯剪自裂隙切口插直硬腭后缘，使软硬腭分离；最后将两个粘骨膜瓣，分三层仔细缝合。也可用对症治疗：对5至10岁的腭裂患者，实施在腭裂整复的同期行华西咽后壁增高术，以助腭咽闭合率的提高。
术后疤痕修复可以通过药物治疗、手术治疗来实现。具体分析如下：
1.药物治疗：如果术后疤痕不严重，患者可以在医生指导下使用多磺酸粘多糖乳膏、复方肝素钠尿囊素凝胶、积雪苷霜软膏等药物来淡化疤痕。
2.手术治疗：如果术后疤痕比较严重，已经发生增生，且体积比较大，则需要进行手术切除，但疤痕体质的患者要慎重选择。
有两种方法可用。对症治疗：唇裂修复和腭裂修复的时间不同。唇裂通常可以在宝宝两三个月时通过手术进行修补。改良兰氏手术治疗：在松弛切口内扪出钩突，用凿将钩截断，使在钩突上面滑行腭帆张肌失去紧张软腭的能力；之后用一弯剪自裂隙切口插直硬腭后缘，使软硬腭分离；最后将两个粘骨膜瓣，分三层仔细缝合。
治疗的方法有原则治疗的方法，明显提高大龄患者的腭咽闭合率，对腭隐裂的患儿可严密监护，只有当出现喂养、听力或语音问题时才考虑进行腭裂的修复。还有修复腭裂手术的治疗基本原则是延长软腭，闭合腭咽，恢复正常吞咽和发音功能。