巧克力囊肿的复发几率还是非常高的。在临床上，如果巧克力囊肿的病人术后没有给予相应的干预，绝大多数都会出现复发的情况。主要是因为巧克力囊肿由具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢，才引起的这种囊肿，手术很难把这种活性细胞完全根除掉，所以就会复发。
还是有怀孕的可能性的，注意调整自己的情绪，保持乐观开朗的心态，使机体免疫系统的功能正常，要注意自身保暖，避免感寒着凉，月经期间，禁止一切剧烈体育运动及重体力劳动。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，是指子宫内含有陈旧性血液和巧克力差不多，主要是因为子宫内膜脱落，形成月经，月经周期反复脱落，可有局部的出血现象在卵巢里形成了积血，最后导致了巧克力囊肿的产生。初期的巧克力囊肿可采用药物治疗，并密切的随访复查，注意卵巢囊肿的变化。严重的卵巢囊肿者要给予手术治疗。
巧克力囊肿这种疾病对病人身体健康危害是比较严重的，这是一种比较常见的妇科疾病，发病人群大多是育龄女性。巧克力囊肿可以引起病人出现不孕，痛经，月经不调以及夫妻生活疼痛的情况，所以一定要及时去正规医院进行治疗。
确诊后宜立即手术，因流出的囊液可引起盆腔粘连、不育或异位内膜的再次播散和种植。年轻未生育者在吸引和彻底冲洗吸引溢入盆腔内的囊液后，做囊肿剥出术，尽量保存正常卵巢组织，对维持卵巢功能和内分泌功能有助，对日后增加孕育机会也有助。
巧克力囊肿可以采用手术治疗，手术可较为彻底地清除囊肿，而且通过手术的方式还可以有效的缓解痛经，提高生活质量，对于有不孕症的病人，手术后妊娠率能够得以提高。另外也可以采用中药治疗。
