第一是意识障碍。原发脑干损伤病人伤后常常出现即刻昏迷，是一个持久性的，而且很深的昏迷，时间非常长，中间很少出现逐渐的好转期。脑干损伤意识障碍的恢复比较缓慢，意识恢复后，常有智力迟钝和精神症状，严重的是一种植物生存状态。
一般来说，脑干损伤可通过药物治疗、日常调理的方式进行处理，具体分析如下：
针对出血引起的脑干损伤，建议通过手术的方式进行治疗；也可以用甘露醇进行脱水治疗，缓解症状；针对外伤或炎症引起的脑干损伤，可以在医生的指导下应用单唾液酸四己糖，神经节苷脂等药物，配合抗生素，糖皮质激素进行治疗。在日常生活中，患者要注意饮食健康，戒烟戒酒，以清淡和易消化的食物为主，忌辛辣刺激的食物，多吃新鲜的水果和蔬菜，少食多餐，不要暴饮暴食，保持心情舒畅，适当运动，比如慢跑、游泳等，有利于身体健康。
对于轻度脑干损伤的病人，可按脑挫裂伤治疗。救治工作要有长期计划，密切注意防治各种并发症。重症脑干损伤疗效甚差，其死亡率几乎占颅脑损伤死亡率的三分之一，若延髓平面受创，则救治希望甚微。可以早期治疗。
如果是脑干损伤导致的，严重的昏迷不醒，那么病情是特别严重的，绝大部分病人都是难以生存下来，要在当地的三级甲等公立医院神经外科，住院治疗，病情稳定以后，尽快做高压氧康复针灸康复和物理康复治疗。
一般来说，脑干损伤的临床表现如下：
一、意识障碍，一般是在伤后立刻出现持续的轻度的深度昏迷。
二、眼球和眼珠发生变化。在中脑受伤的早期，左右眼眶大小不一。两侧的瞳仁变大，失去了对光线的反应。当两边受创时，两边的瞳孔会变大，而眼球会被固定住，则会导致两边的瞳孔急剧收缩。
三、脱脑强直是中脑损伤的一种症状，主要有两上臂过度伸长和内转。下肢过度伸展，身体呈角度弓反张。
四、锥体束症，主要表现为四肢麻痹、肌肉紧张、肌腱反射、神经反射、神经反射等。此外还有呼吸、心血管功能等方面的生命迹象。
