新生儿的消化道畸形主要是先天性肠狭窄和先天性肠闭锁，这种情况一般都是通过外科手术来治疗的。
外科治疗的原则就是要清除狭窄，按照狭窄的类型，可以分为肠腔狭窄和膜状狭窄，有些是因为肠外肿瘤压迫造成的。如有肝外压迫，应先排除压迫。如果有肠管狭窄，需要先切除肠管，再进行肠腔吻合。
建议在治疗期间多给新生儿补充营养，尽量母乳喂养。
一般情况下，先天性肠狭窄可能是胚胎期发育异常、血液循环障碍等原因引起的。具体内容如下：
1.胚胎期发育异常：如果胚胎发育阶段肠空化不全，可能会导致先天性肠狭窄
2.血液循环障碍：如果妊娠后期，胎儿发生肠扭转、肠套叠、索带样肠粘连或者脐环收缩过速等问题，影响某段小肠血运障碍，使肠管发生坏死或萎缩，也可能导致先天性肠狭窄。
直肠狭窄是指由于先天性发育障碍、炎症刺激、肿瘤压迫等引起的直肠狭窄。可以通过直肠指检、直肠内窥镜检查等发现。病人可能会因直肠狭窄、排便困难、腹胀、恶心、呕吐和其他症状而出现粪便变窄和变。严重要去医院肛肠外科就诊，明确病因再具体治疗。
治疗结肠狭窄没有特效药物，一般是手术治疗，及时去正规的大医院进行手术，这样比较安全，平时注意多喝水，不要吃辛辣刺激的食物，以免引起结肠炎，多运动经常按摩腹部。多吃蔬菜和水果。
肠狭窄主要是先天性的，也就是说在胚胎发育的时期肠道就出现了异常。得了肠狭窄之后患儿经常会出现呕吐，严重的腹胀腹痛还有排便困难的情况。关于长狭窄的治疗主要还是在改善临床症状之后进行手术。
轻度肛门直肠狭窄是可做保守治疗，可先吃润肠通便药物，同时采用中药外洗，由于炎症引起的，可用适量激素保留灌肠，还可进行扩肛治疗，使肛门逐渐扩大，若是严重，可采用手术治疗，平时可以适当进行缩肛训练。
