口腔溃疡的治疗以消除病因、增强体质、对症治疗为主，治疗方法应坚持全身治疗和局部治疗相结合，中西医治疗相结合，生理和心理治疗相结合。口腔溃疡常呈周期性发作，复发时间长短与口腔溃疡病史长短有密切关系。
复发性口疮导致的口腔溃疡往往发生在有精神压力，劳累导致免疫力低的时期，发作以后7-10天可以自行痊愈，目前的治疗还仅仅是针对症状的治疗，有贴膜、漱口液等药物。不过关键还是调节精神紧张情绪，良好充足的休息与睡眠，均衡的饮食。
孕期口腔溃疡需要通过局部治疗、日常护理等方式来治疗。
怀孕期间有口腔溃疡需要进行局部的治疗，同时需要在口腔科或者妇科专家的帮助下进行局部的用药，避免自行服用，导致自身和胎儿都出现异常。可以用生理盐水，不会造成任何的伤害，可以用来漱口，可以购买0.9%的生理盐水涂抹在口腔的创面，也可以用95%的乙醇来治疗，不过要在医师的指导下进行。
常用的药物有药膜，可以外用减轻症状，以及中药的一些散剂，口服维生素C和复合维生素B等药物，平常注意休息，避免进食酸辣刺激食物，以减少复发次数，腔溃疡大多为复发性口腔溃疡，因为局部疼痛，影响饮食，语言等会给生活带来很大的困扰，所以有口腔溃疡后应该及时治疗，减轻症状。
平时要吃蔬菜水果补充维生素，提高免疫力，可有效的减少口腔溃疡的发生。反复发生了口腔溃疡，可以适当的应用激素类药物进行治疗，平时不要吃辛辣刺激的食物。口腔溃疡的发生主要是与免疫力低下，维生素缺乏感染有关。
