如果是在妊娠早期，多为胚胎本身质量的不好，或者受精卵结合是偶尔的染色体变异，或者自然的优胜劣汰。如果是在顺利着床，正常发育的过程中，是胚胎发育的问题，或者是受到外界影响的可能。
胚胎停育应该及时的去医院做相关的检查，明确病因对症治疗。因为是有生殖内分泌原因，是黄体功能不全，多囊卵巢原因有关系的，也会有男性的精子质量。还有子宫和卵巢功能问题，子宫大小是否有异常，异常的细菌性感染或者衣原体问题。
胚胎停育的前兆主要有阴道出血、腹痛、妊娠反应逐渐停止、基础体温下降，如果处于孕中晚期，症状主要有胎动逐渐减少，没有胎动。孕期内分泌有问题也会直接影响到胚胎发育，因为受精卵着床发育成为胚胎，然后再发育成为胎儿，都需要黄体功能来维持，内分泌有问题，黄体酮分泌也会异常。
在排卵前2到3天及排卵后1天受孕流产率就低，在排卵前要减少性生活并做好孕前准备—体质、心理、环境等准备。对胎停育的预防中医中药调治很重要。不能因为西医检查正常就不予重视、理会、治疗，而发生再次胚胎停育的不良结果。所以，孕前必要的基础调治及孕后安胎养胎调理是必要的。
早期胚胎停育，首先考虑染色体异常，注意夫妻双方先查染色体，另外，女方可以查一下内分泌，比如甲状腺，还有激素水平，还有夫妻双方的支原体，衣原体等。胚胎停育也称为稽留流产，可能的病因有很多，如染色体异常、免疫排斥、生殖道感染、子宫畸形、环境因素等。
