阴茎勃起时出现疼痛，多由于阴茎包皮系带过短和包皮过长时的包皮口过窄引起。包皮系带是指包皮与龟头相连的皮肤，位于龟头下方尿道口处。当阴茎勃起时，如果包皮系带过短就会牵拉龟头导致阴茎弯曲，牵拉过度出现疼痛。包皮过长的男性，如果包皮外口狭窄，当阴茎勃起后胀大的阴茎体或龟头就会因包皮口过窄受到压迫，出现疼痛，如果不能及时复位，严重的会出现包皮水肿甚至包皮缺血坏死，医学术语就是包皮嵌顿，需要紧急手术松解。
有包皮龟头炎的可能性的，病因多见于包皮过长、包茎、手淫、外伤感染等，导致角化上皮脱落和腺体分泌，为其他细菌形成良好的繁殖条件，引起炎症，其临床表现多见于局部瘙痒、红肿、糜烂、甚至成溃疡，出现分泌物、有异味等，严重情况下可以有发热、寒战全身症状，甚至阴茎肿大、疼痛等。
症状有：后尿道、会阴和肛门处坠胀不适感，下蹲、大便及长时间坐在椅凳上胀痛加重。放射性疼痛：慢性前列腺炎的疼痛并不止局限在尿道和会阴，还会向其附近放射，以下腰痛最为多见。另外，阴茎、精索、睾丸阴囊、小腹、腹股沟区、大腿、直肠等处均可受累。
通常有性交中的阴茎头或者是射精的时候的腹股沟绞痛、包皮的刺痛、射精之后的会阴以及腰骶部酸痛，以及射精后排尿的时候尿道灼痛等几种疼痛的症状产生。阴茎受到感染而引起的疼痛，可以用抗生素进行治疗；或者抗菌消炎，如果是受到刺激导致的疼痛，那么只要有充分的休息就可以使得症状得到减轻。
各种外伤、蚊虫咬伤、丘疹或表皮外伤。性交过度。生殖器皮肤感染。前列腺炎常引起阴茎疼痛，可能因为阴茎受到感染或受刺激导致。尿道炎和淋病主要通过性行为传染产生疼痛症状。
阴茎疼痛的原因一般是外伤，性交过度等引起的，如果前列腺有炎症也会引起疼痛，阴茎表面溃疡，皮疹等都会造成疼痛感，查看阴茎表皮是否正常，有无感染，溃疡，皮疹等破损情况，到正规医院进一步检查。