药物治疗，对症处理，痛可给予镇痛药，但不宜用麻醉药或吗啡类药品，以免成瘾。颅内压增高和颅内出血者可予以脱水、止血等治疗。高压氧综合治疗，高压氧治疗的同时宜结合药物、康复等综合治疗。应长期同时应用扩血管药物和抗自由基药物。
雾化吸入治疗，有患儿因分泌物粘稠，阻塞呼吸道，加重呼吸困难，则可进行雾化吸入，增加湿度，稀释痰液，使分泌物易于排出，以减轻呼吸困难；供氧治疗，对于出现紫绀的患儿，应及时予以氧气吸入，改善呼吸功能，供氧主要适用于重症患儿。
可以采用腹腔镜肾囊肿去顶减压治疗，分为腹腔入路和后腹腔入路，创伤小，恢复快，减压彻底；腹腔镜肾囊肿去顶减压治疗，分为腹腔入路和后腹腔入路，创伤小，恢复快，减压彻底。
药物治疗，消炎镇痛类的药物可减轻或控制症状。软骨保护类的药物，可缓解症状和改善功能的作用，同时长期服用可以延迟疾病的结构性进展；软骨或骨髓干细胞移植术，自体软骨移植，将股骨远端非承重部位截取的骨柱或自体软骨移植到股骨关节表面预先处理好的软骨缺损隧道中，采用基因治疗骨关节炎。
肾造瘘术，若肾积水病因不去除时，应在梗阻以上先行引流，待感染控制后，再施行去除病因的手术。梗阻原因不能解除时，肾造瘘则作为治疗措施；体外冲击波碎石治疗，体外冲击波碎石，是利用体外冲击波聚焦后击碎体内的结石，使之随尿液排出体外。优点是不需麻醉、不需手术。
治疗的方法有循环衰竭的治疗法基本同感染性休克的治疗。主要有扩充有效血容量，纠正酸中毒，强心治疗。还有局部灌肠疗法：使较高浓度的药物直接作用于病变部位，以增强杀菌作用，并且刺激肉芽组织新生，一般作保留灌肠。
