可以采用西医处理方法；用含有甲状腺素的药物来补充身体内的甲状腺缺失，来缓解症状。手术治疗：针对严重的甲状腺萎缩患者，手术时行中央区淋巴结清扫，易损伤喉返神经及甲状旁腺，是较好的治疗方法。
在换季时节避寒凉，同时也要适当的多运动，适当食用碘盐可以预防甲减，可以先去医院做检查，依据大夫指导针对性用药。口服药物时候，不要自己私自的去停药或者加减药量。
甲状腺萎缩一般是要长期的口服药物才可以。治疗上需终生服用甲状腺素，自己要能按时服药，定期复查甲功，根据甲功情况调整用药，平时避免吃可导致甲状腺萎缩的食物。
甲状腺萎缩在中医讲这个病是甲状腺素分泌不足的表现是甲状腺功能减退的表现，怕冷，没精神等症状。可以采用中医结合治疗，现在病人除了补充所必需的激素，还可以选择中医的方法用中药调理身体，对病情会有一定的帮助。这个病需要坚持服药不能停药的。
甲状腺萎缩的原因可以是萎缩性甲状腺炎。
部分患者体内存在抑制甲状腺细胞生长的免疫球蛋白，可能是甲状腺发育不良、部分发育不良或完全发育不良，甲状腺经碘131放疗后发生甲状腺萎缩。彩色多普勒提示甲状腺萎缩，应检查甲状腺功能。患者甲状腺功能维持在正常范围内，需密切随访，出现甲状腺激素减少，需替代治疗左甲状腺激素片。
