肛瘘需要到医院肛肠科进行系统的检查，必要时进行手术治疗。出现流脓的症状要及时治疗，避免症状加重甚至出现大便失禁的风险。注意饮食和生活习惯，忌辛辣，多吃水果蔬菜，保持大便通畅，不熬夜。
肛瘘晚期治疗可以肛瘘切开和切除术：手术的目的是将肛瘘的内口、瘘管、外口、支管和瘢痕组织切开或切除。还可以用药捻疗法：用清热解毒、祛腐生肌的中药做成药捻，从瘘外口插入，使瘘管痊愈。
出现肛瘘会给生活带来很大的困扰。肛瘘是指肛管直肠与肛门周围皮肤相通的感染性管道，又称为“肛管直肠瘘”。肛瘘的治疗原则：找到原发的内口，并把感染的肛窦、肛门腺及其导管切除干净肛瘘手术时，应明确诊断，查明内口及瘘管走向，保留肛管直肠环，以维持正常的肛门括约功能，肛瘘是复杂的肛肠疾病。
肛瘘一般有原发性内口，瘘管和继发性外口3个部分组成。绝大多数肛瘘是肛周脓肿切开引流或者自行破溃后导致的后遗症，根据瘘管与括约肌的关系分为复杂性肛瘘和低位肛瘘。肛瘘一旦形成，手术是首选，一般低位肛瘘可以采取瘘管切除手术，如果复杂性肛瘘可以采取肛瘘挂线手术，术后需要注意局部清洁卫生，加强创面换药，预防假性愈合。
肛瘘的治疗方法就一个就是手术，但手术的方法很多，因为肛瘘有简单的、有复杂的、有高位的、有低位的，所以手术方法有很多。有肛瘘切开术、肛瘘切除术、肛瘘挂线术、肛瘘切开挂线术，还有些新的方法，比方说肛瘘修补、瘘管切除，还有好多新的方法，比方说有胶粘，有利普刀的手术、肛瘘镜等。但是最基本的方法，就是把低位的肛瘘切开，高位的挂线。
