一般情况下，宝宝扁桃体肥大处理的办法，需要要观察扁桃体肥大的程度进行判断。
如果属于生理扁桃体肿大，并没有出现喉咙疼痛、发烧、发炎，呼吸道没有梗阻等影响时，通常无需特殊处理。扁桃体一般在10-14岁左右会自然萎缩。如果扁桃体经常出现肿大或存在反复发炎，影响孩子正常的呼吸，这种情况下需要到耳鼻喉科就诊进行评估，必要时需要进行扁桃体切除术。
对于扁桃体肥大的孩子需要看扁桃体肥大的程度以及临床症状，如果是二度以下的扁桃体肿大多数情况下是不需要手术治疗，如果是三度的扁桃体肿大，每年反复化脓超过五次以上，并且夜间出现了憋醒、打鼾明显，影响了正常的呼吸，需要考虑手术切除。
扁桃体是一个淋巴免疫组织，主要在口咽两侧，腭咽弓和腭舌弓之间。儿童扁桃体肥大的治疗分保守治疗和手术治疗两种。保守治疗是通过免疫调节剂和中成药调节免疫功能。
两岁宝宝扁桃体肥大因为宝宝太小一般可以使用一些抗感染的药物以及外用喷的激素，缓解炎症水肿症状，从而改善上呼吸道的症状。关键在于平常要注意防寒保暖，饮食要清淡，不要吃辛辣刺激的食物，追休息，多喝水。
扁桃体肥大引起的打呼噜应该进行摘除扁桃体的手术。扁桃体肥大引起打呼噜，说明扁桃体至少有三度肿大，已经引起了鼻部症状，并且极易引发上呼吸道感染引起咽喉，气管及支气管炎症。
需要对扁桃体肥大进行治疗，治疗扁桃体炎的同时，也要补充钙剂，还要坚持给予一段时间的增强身体免疫能力的药物或者保健品，平时要加强营养，合理膳食，多晒太阳，孩侧着身子睡觉，防止呼吸窒息。