口腔溃疡的治疗以消除病因、增强体质、对症治疗为主，治疗方法应坚持全身治疗和局部治疗相结合，中西医治疗相结合，生理和心理治疗相结合。口腔溃疡常呈周期性发作，复发时间长短与口腔溃疡病史长短有密切关系。
用消毒棉签蘸粉末敷患处，一般用药3天后恢复，将维生素C研成粉末状，若系小溃疡，仅需取少许敷于患处即可，若溃疡面较大，则应先轻轻刮除溃疡面渗出物，然后再敷药粉，用针刺破维生素E，将药液挤出涂于口腔溃疡处，保留1分钟，每日用药4次可恢复。
口腔溃疡尽量不食用西瓜，西瓜水分较大，富含维生素很多，但是会使口腔溃疡病情加重。在溃疡发作的时候不能吃刺激性的东西，因为局部会有炎症的存在，而且刺激性的东西可能会加重溃疡的疼痛。
每个月都口腔溃疡是微量元素的缺乏，是由于营养不良或者是贫血，或者是机体抵抗力较低，尤其是女性月经期，特别容易产生口腔溃疡，或者是疱疹的症状提高自身机体抵抗力，合理膳食，并且补充维生素。
口腔溃疡癌变比较严重，可能会表现成口腔溃疡还有癌性溃疡。手术只能切除看得见的肿瘤，对于残存在血液和淋巴中的癌细胞无能为力，所以术后也要做好巩固治疗，以防复发和转移。
发作频率有一定规律性，每月一次以上属于频密，一般2个月或3个月发作一次，存在季节性的发作高峰期。口腔溃疡可以自愈，一般发病到痊愈的周期在7~15天之间。好了之后基本没什么后遗症。它是否会转化为“扁平苔癣”（属于组织细胞变异）尚不好说。
