肛瘘的临床表现是外口反复流出少量的脓性分泌物或者粪水，分泌物时多时少，由于分泌的刺激可引起肛周皮肤瘙痒，有时还有气体从外口溢出。如果外口关闭，由于引流不畅可再次出现肛周脓肿的表现，如局部的红肿热痛，严重者可出现发热，乏力等全身中毒症状。
肛瘘检查目前主要检查靠医生的望诊（看），直肠内手指触诊，肛镜下观察直肠内部情况来确诊，但是可以通过以下几种检查方式来确诊：瘘管的造影、磁共振、B超等，有时需要多种方法来合参。
肛指检查时，硬关节或凹陷处可能会碰到肛门的牙线，或按压瘘管时会流出脓液。在大多数情况下，内孔是隐藏的或封闭的，这需要先找到瘘管或外孔，然后通过手杖摸索。有六种方法：看，摸，探索，灌溉，照亮和切割。这些方法对不同的瘘管有不同的适用范围。有时可以找到一种方法，有时需要将几种方法配合在一起。
治疗肛瘘病情不严重的情况下，一般是采取口服用药和局部用药的方式联合治疗外痔，可以选择用消肿止痛的洗剂，或者是利用坐浴的方式来减轻症状，也可以选择外涂金黄膏，而口服用药需要用抗生素控制炎症，也可以起到消肿的目的。平时也要注意好自己的生活习惯和日常护理，避免让局部再次感染，要防止便秘。
肛瘘一旦形成，恢复的机会极少，瘘管复杂化后，带来许多麻烦与一定的危害性。是脓水污染内裤，剧烈活动后可促使脓液外溢，局部经常受到刺激，皮肤摩擦、瘙痒，非常痛苦，影响工作和学习，久而久之可使身体虚弱消瘦，精神不振，抗病能力下降，出现贫血，发作也越加频繁，形成互为因果。
