阴茎发育不良怎么治疗最好，需要视情况而定。如果是在青少年时期、未成年之前出现阴茎发育不良，一般可以通过外源性地补充雄性激素，促进男性阴茎的发育，可以肌肉注射绒毛膜促性腺激素，或者口服安特尔。如果是成年人，一般可以使用药物治疗或者其他的方式一般效果都不好。建议可以采用手术的方式，最常见的就是阴茎延长手术，或者通过阴茎海绵体假体植入手术。
如果小孩有阴茎发育不良的情况，可以去儿科或者是去泌尿外科，都是这两个科的范畴。
阴茎短小、包皮过长、包茎、阴茎弯曲畸形、隐匿型阴茎等都是阴茎发育不良的原因。要做全面的体检，包括血常规、尿常规、生化、激素水平、睾丸的彩超等。长期自慰、荷尔蒙下降、睾丸发育不良等都是常见的病因。如果确定了包皮过长、包茎，可以做手术，如果激素水平不够，可以遵医嘱服用激素。
先确定阴茎勃起后的长度是否在10厘米左右，如果低于这个尺度那就属于阴茎短小了，可以做阴茎延长术治疗的。一般在青春期阴茎会发育的，现在已经成年了，如果阴茎发育不良一般是不能在治疗使阴茎二次发育的。
常见的有自身的体质、体内激素情况、生活环境、习惯等，需要特别的注意。目前的阴茎短小与包皮过长是没有关系的，但如果性生活协调是没有关系的，如果要使阴茎增大就需要进行手术治疗。
男孩的生殖器官正常是男孩的阴茎大小没有明显的标准，但正常的是可以看到龟头的。如果平常龟头被包皮包在里面，看不到，那么称为包皮过长或包茎，建议及时到医院就诊进行治疗。
儿童生殖器发育不良都是和遗传有关，但是也不排除一些男性疾病有关，比如睾丸炎、隐睾症、睾丸发育不全等都可能造成阴茎短小，但是对于小孩子来说看，孩子的生殖器还没有完全的发育完全，可以先观察看看，一般会慢慢好转，要是等孩子长大后还是短小，可以去医院做治疗。
