巧克力囊肿破裂后应立即就医，通过手术进行治疗。
巧克力囊肿破裂是子宫内膜异位症的一种病变。正常情况下，子宫内膜生长在子宫腔内，受体内女性激素的影响，每月脱落一次，形成月经。如果月经期脱落的子宫内膜碎片随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿，即巧克力囊肿。通常巧克力囊肿破裂后，应立即就医，通过根治性手术进行治疗，并辅以药物治疗。
巧克力囊肿子宫内膜异位症的一种，是外源性子宫内膜异位症的一种，这种病在西医上北称为：“不死的癌症”是一种经久反复的疾病。这种病中医保守治疗。中医保守治疗只要对症就能见效，中医保守治疗后复发率低。对于有生育要求的，建议中医保守治疗。
手术治疗，手术后再辅助用药防止巧克力囊肿的复发，如果巧克力囊肿体积比较大，手术治疗是比较好的，如果巧克力囊肿体积比较小，可以暂时不做特殊处理，但是需要定期复查。
巧克力囊肿的早期症状是痛经，且呈进行性加重，有的也可没有症状，是由于不孕症，去医院检查时才发现的。巧克力囊肿的症状主要是月经量多、痛经、腹部包块，尤其是会出现性前时疼痛出血。
巧克力囊肿的护理要保证充分的睡眠：每天早起早睡，可以使皮肤变得更好，而且卵巢也会更健康。还可以适量喝些红酒：红酒可以促进卵巢活性，从而提高卵子的质量。多吃一些一些豆腐豆浆及豆制品，因为里面含有大量的植物蛋白，可以让卵巢更结实，卵子更健康。
B超发现卵巢囊肿，一定要医生当时明确告知囊肿是良性还是恶性，是否诊断卵巢巧克力囊肿，这是不现实的，b超可判定盆腔是否有囊肿，囊肿位置及囊肿内部结构，但不能诊断子宫内膜异位症。因为子宫内膜异位症有时很难与卵巢恶性肿瘤、结核病和炎性肿块区分开来。
