治疗时间一般在三年左右，口腔苔藓的发生主要和精神状态压力过大，内分泌功能紊乱有关，对于扁平红苔藓需要及时的应用激素类药物进行治疗，如果不得不到及时的治疗，有可能会发生癌症变的危险。可以吃口服药来改善缓解症状，在平常的时候养成良好的饮食卫生习惯，多吃蔬菜水果，不要吃口味较辣刺激的食物。
糜烂溃疡型病人应给予软食，忌辛辣刺激之物，如生葱、生蒜、海产品、牛羊肉等，忌烫食，应尽量较少对口腔粘膜的刺激，以有利于口腔扁平苔藓病人病情的迅速好转，加速愈合。有学者提出烟、酒、烫食、嗜酸辣、龋齿、牙齿不良修复体都可能是致病因素。口腔局部物理性损伤可能是口腔扁平苔藓的病因学因素，但不去除，对口腔扁平苔藓的治疗是不利的。宜多食新鲜蔬菜，水果。
口腔扁平苔藓是一种发生在口腔黏膜和皮肤的慢性炎症，发病原因50%以上跟情绪有关。其治疗方式主要有心理治疗，心理治疗对于治疗口腔扁平苔藓尤为关键，局部治疗，局部治疗可以采用抗真菌之类的药物来进行治疗，全身治疗，扁平苔藓全身治疗，可以用免疫抑制之类的药物来治疗，主要有含有肾上腺皮质激素之类的药物来进行免疫调节治疗。
如果局部症状比较明显就需要在进行药物治疗，可以局部用药，也可以全身用药。另外全身用药主要是应用免疫类药物，虽然扁平苔藓的病因并不明确，但免疫因素还是有很大的原因，所以对于口腔扁平苔藓应该尽早来治疗。
口腔扁平苔藓可以通过冷冻治疗。伴有不同程度粘膜红斑充血，发生于苔藓斑纹中间或周围，界限一般清晰，表明病情处于活动期。即病情活动期，粘膜轻度发红，界限清晰。可波及整个粘膜，而白色病损反而轻微，有时需仔细辨认才能分辨出，可发生于颊、唇部。
口腔部位有扁平苔藓是由于真菌性的感染导致的症状，需要及时对症的使用抗真菌的药物来治疗，平时需要注意口腔部位清洁卫生，饮食上注意调养，不要吃生冷辛辣刺激性的食物。