口腔溃疡的治疗以消除病因、增强体质、对症治疗为主，治疗方法应坚持全身治疗和局部治疗相结合，中西医治疗相结合，生理和心理治疗相结合。口腔溃疡常呈周期性发作，复发时间长短与口腔溃疡病史长短有密切关系。
用消毒棉签蘸粉末敷患处，一般用药3天后恢复，将维生素C研成粉末状，若系小溃疡，仅需取少许敷于患处即可，若溃疡面较大，则应先轻轻刮除溃疡面渗出物，然后再敷药粉，用针刺破维生素E，将药液挤出涂于口腔溃疡处，保留1分钟，每日用药4次可恢复。
口腔溃疡不能吃虾，因为口腔黏膜溃疡本质上是黏膜上皮发生了完整性破坏，从而导致黏膜上皮缺失，虾中含有的虾须可能会刺伤黏膜，并使口腔溃疡加重，甚至会引起继发感染，而发展成溃疡性口炎。
平时要吃蔬菜水果补充维生素，提高免疫力，可有效的减少口腔溃疡的发生。反复发生了口腔溃疡，可以适当的应用激素类药物进行治疗，平时不要吃辛辣刺激的食物。口腔溃疡的发生主要是与免疫力低下，维生素缺乏感染有关。
每个月都口腔溃疡是微量元素的缺乏，是由于营养不良或者是贫血，或者是机体抵抗力较低，尤其是女性月经期，特别容易产生口腔溃疡，或者是疱疹的症状提高自身机体抵抗力，合理膳食，并且补充维生素。
顽固性口腔溃疡现在的病因不明确，比较主流的观点是因为人体的免疫力发生紊乱，使得口腔粘膜变得容易发生损伤。再加上口腔黏膜咬破了，或者是进食过多刺激性食物，都可能引发口腔溃疡。所以，单纯说口腔溃疡的是因为维生素缺乏，或者是上火，都是不合适。
