卵巢巧克力囊肿因多种因素而发生自发或在外力影响下的破裂，破裂可反复发生。破裂后陈旧性血液溢入腹腔，引起剧烈腹痛，恶心呕吐等，常须急诊处理。囊肿破裂多发生于经前期及月经期。巧克力囊肿是子宫内膜异位症的病理表现，异位的内膜与子宫内膜一样，随卵巢激素的变化而发生同期性出血和其周围组织纤维化，但因其血液不能像经血一样经阴道排出，而是积聚在局部并形成潴留囊肿。
及时去正规的医院做进一步的检查，然后根据检查结果，尽快选择合理的方法手术治疗。如果病情发现的比较早，治疗的比较及时，相信病情也是可以缓解的，在治疗过程当中，病人一定要把心情放松，思想上不要有什么压力。
确诊后宜立即手术，因流出的囊液可引起盆腔粘连、不育或异位内膜的再次播散和种植。年轻未生育者在吸引和彻底冲洗吸引溢入盆腔内的囊液后，做囊肿剥出术，尽量保存正常卵巢组织，对维持卵巢功能和内分泌功能有助，对日后增加孕育机会也有助。
可以通过做腹腔镜微创手术治疗，通过导丝直接进入阻塞部位，疏通阻塞黏连部位。输卵管堵塞是引起女性不孕常见的一种原因，可能是由于慢性输卵管炎症没有及时得到控制，逐渐发展。从而形成了输卵管阻塞。
巧克力囊肿是会导致不孕的。至少会造成排卵障碍。卵巢巧克力囊肿的形成是由于内膜在卵巢中仍然会出现“经血”症状，但由于在卵巢内无法排出，日积月累就造成了旧血的长期潴留，形成囊包。
巧克力囊肿的治疗有保守治疗和治疗性治疗，保守治疗也就是药物治疗，治疗方法不是理想的治疗方法，服药以后囊肿会变小，但是停药后就很容易出现复发。对于小的巧克力囊肿或者有生育要求的病患可以先采取药物治疗，待生过孩子后再观察是否需要进行治疗性手术。
