手术是治疗鳃裂囊肿的最有效方法。手术切口常选择在下颌骨侧皮肤，与皮肤纹路一致，切口愈合后的瘢痕是在皮肤上划了一条线。伴有感染者不宜做手术，应使用抗生素控制感染后再接受手术治疗。
肝囊肿消除可以通过手术来切除肝囊肿。肝囊肿在临床上也是非常常见的疾病，单纯的肝囊肿是先天性、非遗传性肝内囊性病变。出现这样的疾病，通常在很长一段时间里不会有明显的症状。
对于体表的囊肿，可以选择手术切除的方法，通常是在局部麻醉下进行手术操作，发生于甲状腺的囊肿，如果逐渐增大，会出现气管受压，病人也会出现吞咽食物时明显的不适感，可以选择开放手术，或者是进行射频消融治疗等，让囊肿逐渐萎缩。
早期的囊肿在其比较小的时候，可以通过局部制动、按摩的方法消除。当囊肿逐渐长大后可以先尝试用力按压挤破囊肿，可也以暂时消除，但是一般容易复发。如果囊肿逐渐长大后，挤压不破的情况下，可以根据自身情况，如果影响日常生活，可以到医院做手术切除囊肿，也是有一定的复发率。
囊肿禁忌辛辣刺激性食物，戒烟戒酒，对于囊肿需要根据不同的发病部位来积极的治疗的，如果大脑囊肿，还是需要积极的手术治疗的，如果肝脏的囊肿一般定期观察，如果是手部的囊肿，一般可以手术切除。
