肛瘘手术主要是清除内口以及瘘管，术后创面相对比较大，所以术后创面的分泌物也相对比较大。术后十天都可能存在肛门潮湿，在术后应该坚持用复方苦参洗剂坐浴，注意肛周部位的干燥卫生，以免诱发肛门湿疹。应该多食用一些富含优质蛋白的食物。
肛瘘多久能痊愈；手术后按时换药，平时注意卫生，勤清洗，便后清洗，一般需要2-4周可以痊愈。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。避免一直保持同样姿势，坐着工作的人每隔一小时要能走动三、四分钟。
预防肛瘘首先养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。
肛瘘多为化脓性感染所致，少数为特异性感染，如结核、克罗恩病、溃疡性结肠炎等感染亦可所致。最佳治疗办法可以手术处理。通常术后需要半月到一月时间恢复，手术观察期间一定要注意饮食生活作息，少吃辛辣刺激的食物，少喝酒，多注意局部的卫生清洗，勤换内裤。
肛瘘术后伤口的换药和护理尤为重要。只有伤口恢复良好，才能被视为肛瘘手术的成功。首先需要碘伏消毒，将痔疮软膏涂在肛门塞痔栓外面。此时不要选择坐着，一定要打开伤口让分泌物排出。伤口开始寻找新鲜肉芽后，可以将毛巾放在伤口的方向，每天坐半小时。
