早晨口臭可能与口腔和胃肠道疾病、鼻咽部的疾病、呼吸道疾病等都有可能有关联。吸烟、饮酒、喝咖啡，以及经常的吃葱、蒜、韭菜等辛辣刺激的食物，或者是嗜好臭豆腐等具有臭味食物的人，也容易引起口臭。此外，晚上如果吃得过饱，吃得过于油腻，或者是辛辣刺激性的调料，也会导致早晨有口臭的问题。
早晨口臭是由于经过夜间一夜的细菌发酵，口腔内的细菌含量会增加的特别多，细菌产物也会特别多，在早起的时候就会有轻微的口臭，只要经过正常的刷牙漱口就可以去除掉。存在牙龈炎、牙周炎或者龋齿的患者，在早晨起床之后口臭就会特别严重。
当口腔粘膜形成病态损伤以后，黏膜基础代谢发生紊乱，合成分化功能异常，免疫力下降。产生硫化物这种酸性物质增多。口腔酸碱平衡打破。从而口腔产生异味。主要与口腔疾病有关，如牙龈炎或肠道疾病。平时要注意口腔卫生，戒烟，限制饮酒和清淡饮食，养成良好的生活习惯。
平时没有口臭的人晨起也不会有口臭，若平时就有口臭，那口臭在每天早晨刚醒来时可能是最严重的。因为在睡眠时，口腔活动减少，唾液分泌减弱，细菌大量繁殖，产生大量使人不愉快的气体。
在刷牙之后还会出现口臭，说明口臭不是因为口腔不清洁引起的。导致口臭的原因有很多，比如有口腔的问题比如牙周炎，龋齿引起的。也有可能是胃火过重，或者是消化不良，便秘的引起的口臭。
