可以使用根尖挺或者较细的牙挺，向下使力，撬动牙根，当牙根有一定活动度的时候再使用拔除牙根的钳子将残留的牙根拔除干净。拔除牙根以后要对拔牙窝进行一定的刮治，将里面感染的肉芽组织完全刮除干净，避免后期出现其他的病变。
拔烂牙根，首先要确定牙根是不是有炎症。正常下，拔牙不会痛，因为会给进行局部麻醉，局部麻醉分为组织麻醉和浸润麻醉。用上局部麻药以后不影响意识，能够感觉到在口内进行操作，有触感但没有痛觉。
拔烂牙需打麻药，如不打麻药，疼痛程度不能承受，拔烂牙根时确实会有些疼痛。目前由于麻药的进步，基本上不会出现拔牙期间疼痛的情况，如出现疼痛，可再追加麻药，一般可达到较好麻醉效果，即部分对麻药不敏感，如酗酒，可能对麻药产生耐药，此情况则会有疼痛。
残留牙根不拔除会影响新牙的生长，同时还会滋生细菌造成感染引发牙疾病。牙齿剩下残根，牙齿的髓腔、根管就暴露于口腔的有菌环境之中，细菌可以通过根管而到达根尖，形成根尖周围炎，使牙齿成为病灶牙，引起口臭，身体抵抗力弱时，还可以引起全身的其它疾病，可以引起胃炎，严重的可以引起心脏病。残根继续发展，不断剌激粘膜，口腔粘膜甚至可能恶变，有形成口腔癌的可能。残根不能利用时，只有尽快拔除，才对身体有利。拔除后要在三个月时及时镶牙修复，以免造成牙间隙变大，或者两边的牙向缺牙处倾斜。
只剩下牙根需要拔除时，到正规医院的口腔科进行牙齿的拔除术。因为正规的医院器械的消毒会有保障，拔除之前拍摄此牙的根尖片或者曲面断层片，看看牙根的形状，走行的方向，有几个牙根，是否有牙根的畸形，以及与重要的解剖结构，如上颌窦、下牙槽神经管的关系。确定以后一般先用麻醉药麻醉，然后分离牙龈，用牙挺将要拔除的牙根挺松，再用牙钳或者牙挺将牙根取出。
对于需要拔除的牙齿，拔牙时是将牙齿整体拔出，就是包括牙冠和牙根都要进行拔出，如果不能直接拔除，拔牙有阻力的，有时会考虑将牙冠和牙根先用器械分开，然后分块拔除。但是，总体上牙冠和牙根都要进行拔除。
