小儿口腔溃疡的发病原因有很多，口腔及咽喉部的感染可能会引起小儿口腔溃疡，同时口腔粘膜的破损也会引发口腔溃疡。如果是儿童在饮食中缺乏维生素，就会造成口腔溃疡的发病。
口腔溃疡是一种多因素引起的疾病，主要包括：消化系统疾病及消化系统功能紊乱：口腔溃疡与胃溃疡、十二指肠溃疡、结肠溃疡有相关性。30%-48%的口腔溃疡患者有消化系统疾病，如腹胀、腹泻或便秘等。
首先自身可能存在免疫缺陷或者免疫抑制，其次口腔内可能存在造成黏膜损伤的残冠、残根、不良修复体等。最后作息不规律、熬夜、疲劳、睡眠不足、缺乏体育锻炼，也会导致口腔溃疡的发生。
口腔溃疡在临床上最常见的诱因是：长期感到压力大，精神紧张、波动，经常有疲劳感、睡眠不足。任何会引起免疫功能紊乱的因素，都可能诱发口腔溃疡。如女性在月经前后，口腔溃疡就易复发，更年期妇女也有病损增多的现象。而怀孕后，有些女性的复发性口腔溃疡就会好转。
小孩子出现口腔溃疡大多数是维生素及营养缺乏引起的，比如锌、铁和钙缺乏就会引发口腔溃疡，可以平时让孩子多吃富含相关营养的食物及多吃富含锌、铁和钙的食物，可以起到预防作用。
口腔溃疡的发生是多种因素综合作用的结果，其包括局部创伤、精神紧张、食物、药物、营养不良、激素水平改变及维生素或微量元素缺乏。口腔溃疡通常预示着机体可能有潜在系统性疾病，口腔溃疡与胃溃疡、十二指肠溃疡、溃疡性结肠炎、局限性肠炎、肝炎、女性经期、维生素B族吸收障碍症、植物神经功能紊乱症等均有关。
