肛瘘因瘘管位于括约肌外，不受括约肌控制，常有粪便及气体排出。由于分泌物的刺激，使肛门部潮湿、瘙痒，有时形成湿疹。当外口愈合，瘿管中有脓肿形成时，可感到明显疼痛，同时可伴有发热、寒颤、乏力等全身感染症状。
肛瘘是一种肛肠疾病，肛瘘是肛门直肠瘘的简称，是发生在肛门直肠周围的脓肿溃破或切口引流的后遗病变。典型的肛瘘就是一根通畅的完整的管道，一头在肛窦，一头在肛缘外，或在直肠壁。引发肛瘘的原因有：肛肠脓肿、异物损伤、肛裂反复感染、结核等。
肛门失禁：任由肛瘘发展，可对括约肌造成严重损伤，甚至可能造成肛门失禁等并发症。瘘口、瘘管增加：肛瘘的多次反作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延而成多发性、复杂性肛瘘。
根据瘘管和括约肌的关系，一般分为高位肛瘘，低位肛瘘，简单性肛瘘和复杂性肛瘘。一般低位简单性肛瘘，术后愈合时间相对快一些，大约三周左右。高位复杂性肛瘘手术需要采取挂线术，创面比较大，愈合相对缓慢，大约需要30-40天左右。
一般手术的时间在二十分钟以内可以完成，术后的恢复时间快，切口的愈合时间短。高位肛瘘或者复杂性肛瘘，因为瘘管位置偏高，而且瘘管不止一根，走行相对复杂，在术中医生需要仔细探查瘘管，防止因为瘘管或者内口遗漏而导致术后的复发，时间相对长一点，有可能半个小时到一个小时不等。
