对于耶尔森菌肠炎，一般可以通过对症支持治疗，补充水和电解质，药物治疗等来治疗。
1、对症支持：在出现痢疾的时候不能吃东西，可以食用流食或者是半流食，或者是暂时不要喝奶类的东西，避免出现高渗的情况。如果病人出现了恶心和剧烈的腹痛症状，可以口服一些阿托类的药。
2、补充水分及电解质：轻度或严重脱水的病人，可以服用补充水分的补充；重度腹泻伴水、电解质紊乱、酸中毒、休克者等都可以进行输液治疗。另外，在补水的同时，应尽快进行静
3、药物治疗：可以口服氟喹诺酮类的药物，如：左氧氟沙星、环丙沙星等。
首先是禁食一旦发现立即禁食，轻者5～10天重者10～15天或更长，腹胀明显时给予胃肠减压，禁食期间必须静脉补液，维持水电解质及酸碱平衡营养支持，可根据培养药敏选择抗生素来抗感染，对症治疗。
小肠结肠炎耶尔森菌肠炎吃以下几种食物比较好，具体分析如下：
如果是耶尔森菌肠炎引起的腹泻，建议吃容易消化的食品，建议在拉肚子时吃流质、半流质的东西。充分摄入高质量的卡路里，如瘦肉、鸡蛋等。建议不要吃一些容易消化的东西，避免吃太多的东西，不要吃太油腻的东西，也不要吃奶类的东西。暂停喝奶及其它奶类产品，以免造成严重的腹泻。避免多渣、油腻、刺激性的食品。
一旦确诊，立即禁饮食，一般需要禁食5-10天，腹胀明显的给予胃肠减压。静脉补充液体及维持营养，禁食期间必须静脉补液，维持水电解质及酸碱平衡。有肠穿孔，腹膜炎症状明显的经内科治疗无效者应积极行手术治疗。
腹部X线摄片有助于对新生儿坏死性小肠结肠炎的确诊。新生儿坏死性小肠结肠炎临床上以麻痹性肠梗阻、肠腔间隔变宽、肠壁积气门静脉充气等为特征。严重病人有肠袢固定、腹水、气腹等症状，说明肠管坏死、腹膜炎、肠穿孔。
血气分析、血常规、血培养是判断病情的重要检查，主要表现为外周血中的中性粒细胞、血小板减少、代谢性酸中毒、呼吸性酸中毒、休克、弥漫性血管内凝血。如果有上述三种情况，就可以诊断为全身感染中毒，比如体温不高、脸色苍白、呼吸紊乱、心跳过缓等。消化道表现为胃潴留、呕吐、肉眼血便、腹胀、肠鸣音消失。
新生儿坏死性小肠结肠炎特征是在小肠远侧和近端处，常见的是早产婴儿和足月婴儿，男性多于女性。
一般在出生后2-3个星期内出现，首先是腹部肿胀，其次是恶心，其次是有胆汁或咖啡渣样物质；最后是大便和大便，可以是鲜血、果酱样和黑色，x光检查可以显示出小肠胀气，肠道形状坚硬，肠腔增粗，肠道腔内积气体，门脉气体。在进行治疗的时候一定要严格的禁食，在没有出现呕吐和腹痛症状的情况下，如果出现了进食的情况，就可以进行手术。
