肛瘘一旦确诊要手术，吃药和打针都没有治疗意义。手术之后伤口完全长好，需要一个半月左右的时间。术后需要每天换药，换到伤口完全长好，要多休息避免运动，饮食清淡。
肛瘘的治疗主要是进行手术，保守治疗不能成功，可根据肛瘘具体情况选择挂线疗法、瘘管切开术、肛瘘切除术，从资料来看可能是瘘管切开术，具体情况可咨询手术医生，术后定期换药，去除脓性分泌物，如有必要可应用抗生素药物治疗，忌酒辛辣食物。
肛瘘患者，有病应尽早手术，只有手术才能治好肛瘘，肛瘘是肛门周围脓肿的后遗症。肛周脓肿被医生切开引流或自行溃破后，脓腔逐渐萎缩变细而形成了一个管道，就是肛瘘。暴露在肛门外的瘘口叫外口，在肛管直肠内的则称为内口。内口实际上是最初感染的祸根，它常常位于直肠肛管交界处。正是由于内外口的相互贯通，所以常有分泌物或稀便自肛内溢出，这样一来，瘘管自然就不能自愈了。用药只是一时的保守方法，不能达到彻底治疗的目的。
长期肛瘘不治会引起流脓流水，污染亵服，引起病菌滋生，可引发肛门湿疹、肛门瘙痒等其他肛肠疾病。肛瘘的多发性，可形成直肠阴道瘘、直肠尿道瘘和直肠膀肤瘘，危及四面脏器，并且肛瘘有恶变倾向。肛瘘一旦确诊后要及早手术治疗，一般的正规医院均可以做。
肛瘘不会自愈，必须手术进行。如果是复杂性的需要分步解决，一步到位有可能造成“后遗症”，需要再次到正规医院肛肠科做进一步检查和手术处理，平时注意少吃辛辣刺激性的食物，还要注意局部卫生。
可采取理疗刺激肌肉、采取手术进行修补。应该多做提肛运动以及坚持慢跑，可以锻炼肛门括约肌以及肛提肌，改善肛门周围的肌肉。同时坚持用温盐水坐浴，可以清洁肛周部位、避免感染发炎。
