肝内胆管结石不会自愈。如果患者有手术指征及早进行手术治疗。采取的手术方式是高位胆管切开取石术。如果患者肝内胆管结石造成某一叶的肝脏萎缩，可以行肝部分切除或者肝段切除。
可以采取手术治疗。手术风险不大，请到当地大型公立三级肝胆外科医院，并按照医生的建议进行对症治疗。如果结石的大小相对较小并且没有明显的临床症状，应首先采取保守治疗并定期复查。根据待检结石的大小和大小，结合临床症状，如果结石的大小相对较大且有明显的临床症状，一般不建议保守治疗，以免加重病情。
如果有疼痛感，可以口服利胆消炎的药物，也可以采取中医辩证治疗的，如果反复发作，可以考虑手术治疗，可以使用腹腔镜治疗的，这样损伤性较小，具体的，建议遵当地的医嘱的。
年轻人的运动方式可以是跑步、打羽毛球、乒乓球等，老年人则可以走路、慢跑、打太极拳等。肝内胆管结石在进行体育锻炼时要制定合理的计划，量力而行，循序渐进。初始运动量要小，在可承受范围的情况下逐渐增加运动量，达到一定程度即适可而止，一般以不感觉疲劳为准。
可以通过药物刺激，分泌出的胆汁使胆囊口自动打开，胆管自动放大，胆囊收缩时，通过药物刺激变松弛的胆管排出，然后进入肠道，在肠道的蠕动下最终以排便的形式排出体外。
肝内胆管结石伴有胆管炎症的，饮食上需要更加注意。对于辛辣刺激食物也不能吃太多，如辣椒，大蒜，生姜，韭菜，芥末，尖椒等。这些食物可导致刺激胃粘膜，引起消化不良以及十二指肠乳头水肿，导致胆汁反流以及引流不畅，最终会引起胆管结石炎症反复发作。
